比较多个子串答案

【问题标题】：Compare Multiple Substrings比较多个子串
【发布时间】：2010-09-29 19:25:41
【问题描述】：

我正在尝试编写一个基本的 dna 测序仪。在那里，给定两个相同长度的序列，它将输出相同的字符串，最小长度为 3。所以输入

abcdef dfeabc

会回来

1 abc

我不知道如何解决这个问题。我可以比较两个字符串，看看它们是否完全相等。从那里，我可以比较长度为 1 的字符串大小，即如果 dfeabc 包含 abcde。但是，我怎样才能让程序执行所有可能的字符串，最小为 3 个字符？一个问题是对于上述长度为 1 的示例，我还必须执行字符串 bcdef 并进行比较。

【问题讨论】：

标签： java substring dna-sequence

【解决方案1】：

天真的方法是获取字符串 A 的每个子字符串并查看它是否在字符串 B 中。

这是一种天真的做法：

for ( int i = 0; i < a.length; i++ ) {
   for ( int j = i+1; j <= a.length; j++ ) {
       if (b.contains(a.substring(i, j))) {
           //if longer than last found match, record this match
       }
   }
}

稍微更优化的方法是先查看较长的子字符串，这样第一个匹配的子字符串必然是最长的。

for ( int length = a.length; length > 0; length-- ) {
     for ( int i = 0; i + length < a.length; i++ ) {
         if ( b.contains(a.substring(i, i+length)) ) {
             //this is the biggest match
         }
     }
}

【讨论】：

当然是善意的，但对家庭作业问题的帮助太大了，IMO :-)
嗯，我在想如果这是家庭作业，它似乎是，他可能不允许使用 contains 方法（那是作弊）所以他还有一些空白要填写在。
说实话，这很完美，我已经有一些接近的东西了，我只是没有第二个长度循环来使它正常工作。这是真的，我不能使用包含，所以还有一些事情要做。它甚至不是任务，只是一个实验室，所以我只需要简单的解决方案。

【解决方案2】：

如果你想以一种简单的方式解决这个问题，而不使用任何 Java API 进行搜索，你可以这样想：对于第一个字符串中的每一对可能的起始索引 i 和第二个字符串中的 j，步骤在第一个字符串和第二个字符串中的对应字符相等时向前推进，如果您至少执行了 3 步，则返回结果。

【讨论】：

【解决方案3】：

您需要使用最长公共子串算法，这是一个动态规划问题。查看 Wikipedia 的 entry 了解算法说明，查看 here 了解示例实现。

【讨论】：