【问题标题】:How install R and shiny package on ubuntu server and publish it on shiny-server without launching browser如何在 ubuntu 服务器上安装 R 和闪亮包并将其发布到闪亮服务器而不启动浏览器
【发布时间】:2020-06-05 12:16:53
【问题描述】:

我对 R 和 Shiny 应用程序很陌生,所以如果这个问题看起来有点愚蠢,请接受我的道歉。 所以,基本上我想要的是自动化一个闪亮的应用程序仪表板,目前我正在我的 Windows 机器上运行。 我从我的数据库中获取每小时数据并将文件保存在 R 的工作目录中。

我遵循的步骤:

  1. 打开 R 工作室
  2. 运行我的 Shiny App,它会在我的本地主机“http://127.0.0.1:7790/”上生成一个仪表板
  3. 我点击右上角的“发布”按钮,在闪亮的服务器“https://www.shinyapps.io”上发布我的仪表板

现在我几乎每小时手动运行一次这个过程。我的 Apache Airflow 在我的一台 ubuntu 服务器上运行。

所以,我愿意在我的 ubuntu 服务器上安装 R, Shiny 包,然后想调用闪亮的应用程序并在闪亮的服务器上发布我的仪表板。 一旦我能够从命令行调用它,那么我认为其余的将很容易在我的 Airflow 工具上安排它以每小时运行一次。

显然,我不想在闪亮服务器上发布我的 shinyApp 时启动浏览器。

对此的任何帮助都会对我有很大帮助。提前致谢。

【问题讨论】:

  • 您想发布闪亮的仪表板吗?你试过闪亮的服务器吗?它是开源的,您可以在 ubuntu 中进行设置。

标签: r ubuntu airflow shiny-server


【解决方案1】:

所以我找到了一个解决方案,可以从我的 ubuntu 服务器自动化我闪亮的应用程序。 我的 Apache Airflow 工具已经在 AWS 上的 Ubuntu 服务器上启动并运行。 假设您想从服务器部署它,请运行以下命令来安装 R-base 和依赖项:

sudo su -c "echo 'deb http://archive.linux.duke.edu/cran/bin/linux/ubuntu trusty/' >> /etc/apt/sources.list"

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade -y

sudo apt-get dist-upgrade -y

sudo apt-get install r-base -y

sudo su --c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

sudo su --c "R -e \"install.packages('fpp', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

sudo su --c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

sudo su --c "R -e \"install.packages('ggplot2', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

R、Shiny 和所需包安装成功后,我们将检查 R 是否安装成功(您将看到交互式 R 终端如下所示):

R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

从 R 终端运行以下命令以安装依赖项和 rsconnect 包: install.packages('devtools')

install.packages('rsconnect')

键入“q()”退出 R 终端。 现在我们需要在我们的 sudo 命令中设置 R 中的工作目录,以便在 shinyapps.io 网络服务器服务器上部署仪表板。在运行命令之前,请确保您已经在 R 中添加了令牌。您可以使用它或参考以下链接:

https://shiny.rstudio.com/articles/shinyapps.html

现在运行以下命令在 shinyapps.io 上部署应用程序:

sudo -i R -e "rsconnect::deployApp(appDir = '/your/ubuntu/Directory_Path', launch.browser = FALSE, forceUpdate = TRUE)"

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