Shiny 应用程序 (R) 中的交互式目录输入

Question

我正在构建一个闪亮的应用程序，该应用程序需要用户在本地计算机上选择一个文件夹，其中包含应用程序要处理的文件。

我正在使用here 提出的解决方案。这在本地计算机上工作正常，但如果应用程序部署到 shinyapps 服务器则不起作用。 该解决方案的作者确认它仅设计用于本地 Shiny 应用程序，因为它通过调用 OS shell 来显示目录对话框。

我想知道目录对话框是否有不同的解决方案，它适用于已部署的 Shiny 应用程序（我正在部署到 shinyapps.io）。

已编辑：请注意，我不能使用fileInput 接口有两个原因：

1. 应用程序的用户不是技术人员，他们不知道应用程序使用文件夹中的哪些文件。
2. 所选文件夹可能包含其他文件夹，其中包含所需文件，因此即使文件输入界面启用了multiple选项，也无法一次选择所有文件。

文件夹/文件结构不是我可以更改的，它是从医疗设备上按原样下载的，因此我唯一能从用户那里得到的就是指定父文件夹，其余的应该在 R 中完成代码。

Answer 1

这是一个基于使用“webkitdirectory”属性的工作示例。目前该属性已被 Chrome、Opera 和 Safari（移动和桌面）支持，应该会在 9 月发布的 Firefox 49 中得到支持。 更多关于这个here。它也适用于子目录。

需要在ui.R中使用tags关键字。我通过上传三个 csv 文件对其进行了测试，每个文件包含三个由逗号分隔的数字。使用 Chrome 和 Opera 在本地和 shinyapps.io 上测试。这是代码：

ui.R

    library(shiny)
    library(DT)

    shinyUI(tagList(fluidPage(theme = "bootstrap.css",
                      includeScript("./www/text.js"),
                      titlePanel("Folder content upload"),

                      fluidRow(
                              column(4,
                                     wellPanel(
                                             tags$div(class="form-group shiny-input-container", 
                                                      tags$div(tags$label("File input")),
                                                      tags$div(tags$label("Choose folder", class="btn btn-primary",
                                                                          tags$input(id = "fileIn", webkitdirectory = TRUE, type = "file", style="display: none;", onchange="pressed()"))),
                                                      tags$label("No folder choosen", id = "noFile"),
                                                      tags$div(id="fileIn_progress", class="progress progress-striped active shiny-file-input-progress",
                                                               tags$div(class="progress-bar")
                                                      )     
                                             ),
                                             verbatimTextOutput("results")
                                     )
                              ),
                              column(8,
                                     tabsetPanel(
                                             tabPanel("Files table", dataTableOutput("tbl")),
                                             tabPanel("Files list", dataTableOutput("tbl2"))
                                     )
                              )
                      )
    ),
    HTML("<script type='text/javascript' src='getFolders.js'></script>")
    )

    )          

服务器.R

    library(shiny)
    library(ggplot2)
    library(DT)

    shinyServer(function(input, output, session) {
            df <- reactive({
                    inFiles <- input$fileIn
                    df <- data.frame()
                    if (is.null(inFiles))
                            return(NULL)
                    for (i in seq_along(inFiles$datapath)) {
                            tmp <- read.csv(inFiles$datapath[i], header = FALSE)  
                            df <- rbind(df, tmp)
                    }
                    df

            })
            output$tbl <- DT::renderDataTable(
                    df()
            )
            output$tbl2 <- DT::renderDataTable(
                    input$fileIn
            )
            output$results = renderPrint({
                    input$mydata
            })

    })

text.js

window.pressed = function(){
        var a = document.getElementById('fileIn');
        if(a.value === "")
        {
            noFile.innerHTML = "No folder choosen";
        }
        else
        {
            noFile.innerHTML = "";
        }
    };

getFolders.js

     document.getElementById("fileIn").addEventListener("change", function(e) {

            let files = e.target.files;
            var arr = new Array(files.length*2);
            for (let i=0; i<files.length; i++) {

            //console.log(files[i].webkitRelativePath);
            //console.log(files[i].name);
            arr[i] = files[i].webkitRelativePath;
            arr[i+files.length] = files[i].name;


            }

            Shiny.onInputChange("mydata", arr);

    });

如果这有帮助，请告诉我。

Answer 2

您是否尝试过使用 shinyFiles 包？ 有一个小部件可让您选择目录。 作为输出，您将获得该目录的路径，然后您可以使用该路径访问文件。 这是一个如何工作的示例。

服务器

library(shiny)
library(shinyFiles)

shinyServer(function(input, output, session) {

  # dir
  shinyDirChoose(input, 'dir', roots = c(home = '~'), filetypes = c('', 'txt'))
  dir <- reactive(input$dir)
  output$dir <- renderPrint(dir())

  # path
  path <- reactive({
    home <- normalizePath("~")
    file.path(home, paste(unlist(dir()$path[-1]), collapse = .Platform$file.sep))
  })

  # files
  output$files <- renderPrint(list.files(path()))
}) 

用户界面

library(shiny)
library(shinyFiles)

shinyUI(fluidPage(sidebarLayout(

  sidebarPanel(
    shinyDirButton("dir", "Chose directory", "Upload")
  ),

  mainPanel(
    h4("output$dir"),
    verbatimTextOutput("dir"), br(),
    h4("Files in that dir"),
    verbatimTextOutput("files")
  )

))) 

希望这会有所帮助。