在 storage.mode(from) <- "double" ：强制引入的 NA

Question

我正在使用Seurat 并尝试分析从 GEO 安装的数据集。但我收到以下错误。

我正在尝试使用 R 和 Seurat 绘制 tSNE 图，但我收到了关于 CreateSeuratObject 的错误消息。

library(dplyr)
library(Seurat)
library(ggplot2)
cancer.rna <- read.csv2(file = "/Users/desktop/GSE84133/GSM2230757_human1_umifm_countsnew3.csv", sep = ",",header = TRUE, row.names = NULL)
dim(cancer.rna)
[1] 16381  1651
cancer.rna[1:5, 1:5]
       X TGCCTCAC.TGGGATTC AGAGACTA.GATTGCGA GAGGGAGGTA.GAAGGCTT GAGAGAGTAT.CCTATTCA
1   A1BG                 0                 0                   0                   0
2   A1CF                 0                 0                   0                   2
3    A2M                 4                 0                   0                   0
4  A2ML1                 0                 0                   0                   0
5 A4GALT                 0                 0                   0                   0
cancer <- CreateSeuratObject(counts = cancer.rna, project = "GSE84133", min.cells = 3,  min.features = 200) 
Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion

我收到一条错误消息：在 storage.mode(from)

Answer 1

这是因为函数read.table 未指定列名，而CreateSeuratObject 训练计算名称为X 的列的平均值。只需在read.table 中设置row.names = 1，用于指向名称列。