Seurat 中的 FindVariableFeatures 函数产生“匹配错误（x，表，nomatch = 0L）：'匹配'需要向量参数”答案

【问题标题】：FindVariableFeatures Function in Seurat Producing "Error in match(x, table, nomatch = 0L) : 'match' requires vector arguments"Seurat 中的 FindVariableFeatures 函数产生“匹配错误（x，表，nomatch = 0L）：'匹配'需要向量参数”
【发布时间】：2019-11-18 15:24:15
【问题描述】：

我在 RStudio 中运行 Seurat V3 并尝试在新的子集对象上运行 PCA。作为该过程的一部分，我正在使用以下命令：

 tnk.cells <- FindVariableFeatures(tnk.cells, assay = "RNA", selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
 tnk.cells <- RunPCA(tnk.cells, verbose = TRUE, npcs = 30, features = FindVariableFeatures(tnk.cells))

第一个过程似乎有效，但我不确定它是否真的有效，如果是，我是否需要在第二个命令中指定“功能”应该引用这些功能。无论哪种方式，每次我尝试运行第二个命令时，都会产生此错误以及三个警告消息：

 Error in match(x, table, nomatch = 0L) : 
   'match' requires vector arguments
 In addition: Warning messages:
 1: In FindVariableFeatures.Assay(object = assay.data, selection.method = selection.method,  :
   selection.method set to 'vst' but count slot is empty; will use data slot instead
 2: In eval(predvars, data, env) : NaNs produced
 3: In hvf.info$variance.expected[not.const] <- 10^fit$fitted :
    number of items to replace is not a multiple of replacement length

有谁知道为什么会产生这些错误/警告？我尝试将FindVariableFeatures 的输出强制为向量和数据框，但无济于事。我还想问：从一个较大的数据集子集新数据集后，我是否需要重新运行 FindVariableFeatures？

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics seurat

【解决方案1】：

可变特征已经存储在 Seurat 对象中。您可以使用 VariableFeatures() 访问它们，例如：

library(Seurat)
pbmc_small =SCTransform(pbmc_small)
pbmc_small = FindVariableFeatures(pbmc_small,nfeatures=20)
head(VariableFeatures(pbmc_small))
[1] "GNLY"   "PPBP"   "PF4"    "S100A8" "VDAC3"  "CD1C"

然后就可以这样运行了，虽然默认会使用对象中存储的变量特征：

pbmc_small <- RunPCA(pbmc_small,features = VariableFeatures(pbmc_small))

【讨论】：