将 Rcpp 链接到 interp2d（GSL 类型库）答案

【问题标题】：Linking Rcpp to interp2d (GSL-type library)将 Rcpp 链接到 interp2d（GSL 类型库）
【发布时间】：2014-01-13 15:15:30
【问题描述】：

我需要一些帮助来解决在我没有管理员权限的 Linux 系统上安装 Rcpp 包时遇到的链接器错误。简而言之，我收到此错误：

relocation R_X86_64_32 对 `.rodata' 在制作共享对象时不能使用；用 -fPIC 重新编译

我有一个文件solve.cpp 使用外部库interp2d，它又具有GSL 依赖项。我通过[[Rcpp::depends(RcppArmadillo,RcppGSL)]] 和DESCRIPTION 指定我的依赖项。我的 Makevars 就像 RcppGSL 包中的那个，添加了 linterp2d 标志：

PKG_CPPFLAGS = -W $(GSL_CFLAGS) $(LOCAL_INCLUDE)
PKG_LIBS += $(GSL_LIBS) $(LOCAL_LIBS) -linterp2d $(RCPP_LDFLAGS)

我定义环境变量的地方

export LOCAL_INCLUDE="-I/data/uctpfos/local/include/"
export LOCAL_LIBS="-L/data/uctpfos/local/lib/"

在系统上。

我做R CMD INSTALL bkPackage 看看：

g++ -I/cm/shared/apps/R/3.0.1/lib64/R/include -DNDEBUG -W -I/cm/shared/apps/gsl/1.15/include -I/data/uctpfos/local/include -fPIC -I/usr/local/include -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppGSL/include"   -fpic  -O3 -fPIC -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o

g++ -I/cm/shared/apps/R/3.0.1/lib64/R/include -DNDEBUG -W -I/cm/shared/apps/gsl/1.15/include -I/data/uctpfos/local/include -fPIC -I/usr/local/include -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppGSL/include"   -fpic  -O3 -fPIC -c solve.cpp -o solve.o

在链接步骤之后出现问题：

g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o bkPackage.so RcppExports.o solve.o -L/cm/shared/apps/gsl/1.15/lib -lgsl -lgslcblas -lm -L/data/uctpfos/local/lib -linterp2d -L/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/lib

错误如下：

/usr/bin/ld: /data/uctpfos/local/lib/libinterp2d.a(interp2d_spline.c.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC 
/data/uctpfos/local/lib/libinterp2d.a: could not read symbols: Bad value

如你所见，我是用 -fPIC 编译的，所以不可能。

【问题讨论】：

抱怨libinterp2d.a没有用-fPIC编译；你确定那也是用-fPIC编译的吗？此外，您的标志中似乎都有-fpic 和-fPIC；你可能只想要-fPIC。我认为R 实际上确保默认情况下启用。
您应该将此作为答案发布。用 -fPIC 重新编译 libinterp2d 做到了！谢谢！

标签： rcpp gsl

【解决方案1】：

抱怨libinterp2d.a 没有用-fPIC 编译；你确定那也是用-fPIC 编译的吗？

此外，您的标志中似乎都有-fpic 和-fPIC；你可能只想要-fPIC。我认为 R 实际上确保默认情况下启用。

【讨论】：