Bioconductor DNACopy 软件包 xxx 不可用（适用于 R 版本 3.2.1）

Question

我知道有一些类似的问题，尤其是这个： How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning? 坦率地说，答案对我来说有点不知所措，因为我对 R 设置/安装等不太熟悉。我尝试了一些解决方案，但还没有奏效。

我想做的是从这里安装一些生物导体包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 例如“CNVPanelizer”，但我收到以下错误消息：

> biocLite("CNVPanelizer")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1.
Installing package(s) 'CNVPanelizer'
Old packages: 'PSCBS', 'rgl'
Update all/some/none? [a/s/n]: #--- I tried 'a' and 'n', neither working
Warning message:
package ‘CNVPanelizer’ is not available (for R version 3.2.1) #--- this is the error message I got, as shown in my topic title

对于 bioconductor/dnacopy 网页中的所有包，我收到了相同的错误消息。

谁有一个简单的解决方案？非常感谢您提供分步指导！

TIA

尝试在这里澄清（至于回答下面的 cmets） 当被问到“更新所有/某些/无？[a/s/n]：”时，我尝试了“a”和“n”选项。两者都不起作用。

> library("CNVPanelizer")
Error in library("CNVPanelizer") :
there is no package called ‘CNVPanelizer’

如何安装旧版本的 Bioconductor？同时我会谷歌... 谢谢。

更新： 我尝试升级 R、Bioconductor、biocinstaller。这适用于此页面上列出的某些软件包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 例如外显子复制。一些安装有警告；有些有错误，例如 CNVPanelizer。一个常见的错误是

 Old packages: 'rgl'

我在升级 R/Bioconductor 之前看到了这个“rgl”。有时我会看到消息说删除“rgl”和“rgl”重新安装。不知道这个'rgl'是什么东西......

Answer 1

您正在运行 Bioconductor 3.1，但根据 landing page for CNVPanelizer，它是在 Bioconductor 3.2 中引入的。所以你应该升级：

library(BiocInstaller)
biocLite("BiocUpgrade")

那么你应该可以安装CNVPanelizer了：

biocLite("CNVPanelizer")

实际上，在升级之后，您应该通过不带参数调用 biocLite() 来升级所有现有的包。