snakemake 是否可以自动生成报告和 DAG 图像？答案

【问题标题】：Is it possible in snakemake to produce reports and the DAG images automatically?snakemake 是否可以自动生成报告和 DAG 图像？
【发布时间】：2026-02-21 15:00:01
【问题描述】：

我想在 snakemake 中运行工作流后自动生成报告和 DAG 图像。我也想用给定的名称创建报告，例如在config.yaml 中指定。

我无法在 Snakefile 中使用 snakemake shell 命令，而我通常会使用它来手动创建报告。

我将用于手动创建报告的代码：

snakemake --report

手动创建DAG镜像的代码：

snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf

如何在 Snakefile 中执行此操作？

感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： snakemake

【解决方案1】：

你可以这样做，但对我来说它看起来很丑。在 Snakefile 的末尾添加：

onsuccess:
    shell(
        r"""
        snakemake --unlock
        snakemake --report
        snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf
        """)

【讨论】：

是否有可能以“更漂亮”的方式做到这一点？如果有配置文件或蛇文件在另一个文件夹中，它会变得更加丑陋。我一直在尝试使用snakemakes 内部函数auto_report，但它需要DAG。 from snakemake.report import auto_report; auto_report(dag, "reports/workflow.html")你知道内部是否可以访问DAG吗？