来自 tsv 的 gnu 并行输入

【问题标题】：gnu parallel input from a tsv来自 tsv 的 gnu 并行输入
【发布时间】：2013-10-17 20:20:12
【问题描述】：

我有 3 或 4 列的 tsv，每列都是 shell 脚本的参数。
所以我想使用 gnu 并行运行带有 tsv 值的 shell 脚本

~ parallel --colsep "\t" thescript.py --arg1 {1} --arg2 {2} --arg3 {3} --arg4 {4} :::: input.tsv

第 4 列并不总是存在，所以我想知道是否有一个聪明的方法来添加 --arg4 {4} 仅当 {4} 存在时。
python使用optparser.Optionparser，我更喜欢避免修改脚本。

【问题讨论】：

标签： python gnu gnu-parallel

【解决方案1】：

当第 4 列没有值时，GNU Parallel 将 {4} 作为字符串“{4}”传递。

你可以用 if 包裹thescript.py：

parallel --colsep "\t" 'if [ "{4}" = "\{4\}" ]; then thescript.py --arg1 {1} --arg2 {2} --arg3 {3}; else thescript.py --arg1 {1} --arg2 {2} --arg3 {3} --arg4 {4}; fi'  :::: input.tsv

或者，如果您更喜欢可读性，请使用 Bash 函数：

my_func() {
    if [ "$4" = "\{4\}" ]; then
        thescript.py --arg1 $1 --arg2 $2 --arg3 $3
    else
        thescript.py --arg1 $1 --arg2 $2 --arg3 $3 --arg4 $4
    fi
}
export -f my_func
parallel --colsep "\t" my_func {1} {2} {3} {4} :::: input.tsv

【讨论】：