f2py：如何将二维列表传递给 fortran 77答案

【问题标题】：f2py: how to pass 2 dimension list to fortran 77f2py：如何将二维列表传递给 fortran 77
【发布时间】：2014-08-25 21:48:55
【问题描述】：

我无法将二维数组传递给 fortran。我想组合一堆不重叠的光谱。首先，我选择 x 轴上的点，然后将所有数据插入到这个新的公共网格中。我将光谱存储在 python 的二维列表中。

这适用于 Python 2.7，但速度很慢：

for i in range(len(wlp)):
  print wlp[i],
  for a in range(len(datax)):
    inrange = 0
    if datax[a][0] >= wlp[i] or datax[a][-1] <= wlp[i]:
      for b in range(len(datax[a])-1):
        if float(datax[a][b]) <= wlp[i] and float(datax[a][b+1]) >= wlp[i]:
          sp = float(datax[a][b]); ep = float(datax[a][b+1])
          delx = ep-sp; dely = float(data[a][b+1])-float(data[a][b])
          ji =  (dely/delx)*(wlp[i]-sp)+float(data[a][b])
          inrange = 1
    if inrange == 0: ji = '?0'
    else: ji = ji * weights[a]
    print ji,
  print

常见的 x 网格打印在第一列中，所有插值光谱都打印在后续列中。如果有一些较短的超出范围，则打印“？0”。这有助于稍后为每个数据点设置适当的权重。

我最终得到了这个 fortran 子例程来用 f2py 加速它：

c wlp = x axis points (wavelength)
c lenwlp = length of list wlp, len(wlp)
c datay = 2D python list with flux
c datax = 2D python list with wavelength
c lendatax = number of spectra, len(datax)
c datax_pl = list of the lengths of all spectra
c weights = list of optional weights
c maxi = length of the longest spectrum   

C============================================================================80
       SUBROUTINE DOIT(wlp,lenwlp,datay,datax,lendatax,datax_pl,
     .                 weights,maxi)
C============================================================================80
       INTEGER  I,a,b,lenwlp,inrange,datax_pl(*),maxi,lendatax
       DOUBLE PRECISION WLP(*),SP,EP,DELY,DELX,ji
       DOUBLE PRECISION WEIGHTS(*)
       DOUBLE PRECISION DATAY(lendatax,maxi)
       DOUBLE PRECISION DATAX(lendatax,maxi)   

 2     FORMAT (E20.12,  1X, $)
 3     FORMAT (A, $)
 4     FORMAT (1X)
       I = 1
       DO WHILE (I.LE.lenwlp)
         WRITE(*,2) WLP(I)
         DO a=1,lendatax
           inrange = 0
           ji = 0.0
           IF (datax(a,1).ge.WLP(I) .or.
     .         datax(a,datax_pl(a)).le.WLP(I)) THEN
             DO b=1,datax_pl(a)-1
               IF (DATAX(a,b).LE.WLP(I) .and.
     .           DATAX(a,b+1).GE.WLP(I)) THEN
                   SP = DATAX(a,b); EP = DATAX(a,b+1)
                   DELX = EP - SP; DELY = datay(a,b+1)-datay(a,b)
                   if (delx.eq.0.0) then
                     ji = datay(a,b)
                   else
                     ji = (DELY/DELX)*(WLP(I)-SP)+datay(a,b)
                   end if
                   inrange = 1
               END IF
             END DO
           END IF
           IF (inrange.eq.0) THEN
             WRITE(*,3) ' ?0'
           ELSE
             WRITE(*,2) ji*WEIGHTS(a)
           END IF
         END DO
         I = I + 1
         write(*,4)
       END DO
       END

它可以用 gfortran 4.8 编译。然后我在 Python 代码中导入它，设置列表并运行子程序：

import subroutines
wlp = [...]
data = [[...],[...],[...]]
datax = [[...],[...],[...]]
datax_pl = [...]
weights = [...]
maxi = max(datax_pl)

subroutines.doit(wlp,len(wlp),data,datax,len(datax),datax_pl,weights,maxi)

然后它返回：

ValueError: setting an array element with a sequence.

我传递了列表和最长光谱的长度 (maxi)，这应该定义 fortran (?) 中的最大维度。我不需要返回值，所有内容都打印在标准输出上。

问题必须在数组声明的开头。我没有这方面的经验...任何建议表示赞赏。

【问题讨论】：

FWIW 这不是 Fortran 77，您使用的是 Fortran 90 的功能。您没有展示如何调用子例程，这是唯一真正重要的事情。你不能只传递 Python 列表，你必须使用 numpy 数组。

标签： python arrays list fortran f2py

【解决方案1】：

正如我在评论中所说，您不能将 Python 列表传递给 f2py 过程。您必须使用与 Fortran 或 C 数组兼容的 numpy 数组。

你显示的错误信息来自这个问题。

您可以从列表http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.creation.html创建数组

【讨论】：