如何编写一个迭代地创建新脚本的 bash 脚本

Question

如何编写一个循环遍历所有主题并为每个主题创建一个新脚本的脚本？目标是创建一个脚本，在超级计算机上为每个主题运行一个名为 FreeSurfer 的程序。超级计算机队列限制了每个脚本/作业需要多长时间，所以我会让每个作业运行 1 个主题。最终我想自动化作业提交过程，因为我不能同时提交所有作业。在我的主题文件夹中，我有三个主题：3123、3315 和 3412。

我熟悉 MATLAB 脚本，所以我想像这样

for i=1:length(subjects)
    nano subjects(i).sh
        <contents of FreeSurfer script>
        input: /subjects(i)/scan_name.nii
        output: /output/subjects(i)/<FreeSurfer output folders>
end

我知道我混合了 MATLAB 和 linux 的各个方面，但希望相对清楚目标是什么。如果有更好的方法，请告诉我。

这是给定主题的 FreeSurfer 脚本示例

#!/bin/bash
#PBS -l walltime=25:00:00
#PBS -q long

export FREESURFER_HOME=/gpfs/software/freesurfer/6.0.0/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export SUBJECTS_DIR=/gpfs/projects/Group/ppmi/freesurfer/subjects/

recon-all -i /gpfs/projects/Group/ppmi/all_anat/3105/Baseline/*.nii -s 
$SUBJECTS_DIR/freesurfer/subjects/3105 -autorecon-all

-i 选项提供输入，-s 选项提供输出。

Answer 1

更改您的脚本以接受 主题 作为参数，这样您就只有一个通用脚本。

#!/bin/bash
#PBS -l walltime=25:00:00
#PBS -q long

subject="$1"

export FREESURFER_HOME=/gpfs/software/freesurfer/6.0.0/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export SUBJECTS_DIR=/gpfs/projects/Group/ppmi/freesurfer/subjects/

recon-all -i /gpfs/projects/Group/ppmi/all_anat/"$subject"/Baseline/*.nii -s 
$SUBJECTS_DIR/freesurfer/subjects/"$subject" -autorecon-all

你可以为你的所有科目调用它

for s in 3123 3315 3412; 
do
   ./yourscriptnamehere.sh "$s"
done

根据需要添加错误处理。