使用 CSV 文件创建 Neo4j 数据库

Question

我有 2 个 CSV 文件，我想将它们转换为 Neo4j 数据库。它们看起来像这样：

第一个文件：

name,enzyme
Aminomonas paucivorans,M1.Apa12260I
Aminomonas paucivorans,M2.Apa12260I
Bacillus cellulosilyticus,M1.BceNI
Bacillus cellulosilyticus,M2.BceNI

second file 

name,motif
Aminomonas paucivorans,GGAGNNNNNGGC
Aminomonas paucivorans,GGAGNNNNNGGC
Bacillus cellulosilyticus,CCCNNNNNCTC

如您所见，共同因素是有机体的Name 和。每个Organism 将有几个Enzymes，每个Enzyme 将有1 个Motif。 Motifs 可以在酶之间相同。我使用以下语句来创建我的数据库：

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file1.csv" AS csvLine
MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(e:Enzyme { name: csvLine.enzyme})
CREATE (o)-[:has_enzyme]->(e) //or maybe CREATE UNIQUE?

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file2.csv" AS csvLine
MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(m:Motif { name: csvLine.motif})
CREATE (o)-[:has_motif]->(m) //or maybe CREATE UNIQUE?

这在USING PERIODIC COMMIT 的第一行给了我错误，上面写着Invalid input 'S': expected。如果我摆脱 ti，我得到的下一个错误是 WITH is required between CREATE and LOAD CSV (line 6, column 1) "MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(m:Motif { name: csvLine.motif})" 。我用谷歌搜索了这个问题，这让我找到了这个 answer 。我尝试了给出的答案（刷新浏览器缓存），但问题仍然存在。我在这里做错了什么？查询是否正确？这个问题还有另一种解决方案吗？任何帮助将不胜感激

Answer 1

您的查询同时有两个问题：

1. 您不能仅使用“file1.csv”来引用本地文件，因为 neo4j 需要一个 URL
2. 您使用MATCH 用于数据可能最初不存在的情况；你需要在那里使用MERGE，这基本上就像你添加的创建唯一评论。

我不知道您的特定错误消息的来源是什么，但按照书面说明，这些查询似乎无法正常工作。这是您重新制定的查询，以便它们可以正常工作（我在我的机器上使用您的 CSV 样本对其进行了测试）

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file:/home/myuser/tmp/file1.csv" AS csvLine
MERGE (o:Organism { name: coalesce(csvLine.name, "No Name")})
MERGE (e:Enzyme { name: csvLine.enzyme})
MERGE (o)-[:has_enzyme]->(e);

请注意这里有 3 个合并语句（MERGE 基本上是 MATCH + CREATE 如果它不存在），以及我使用了 file: URL 的事实。

第二个查询的公式基本相同：

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file:/home/myuser/tmp/file2.csv" AS csvLine
MERGE (o:Organism { name:  coalesce(csvLine.name, "No Name")})
MERGE (m:Motif { name: csvLine.motif})
MERGE (o)-[:has_motif]->(m);

编辑我在有机体的name 属性中添加了coalesce。如果 CSV 中有 name 的空值，则查询将失败。 Coalesce 保证如果 csvLine.name 为空，那么您将返回“No Name”。