如何在 R 中创建一个对称矩阵，计算两列具有相同值的频率？

【问题标题】：How to create a symmetric matrix in R counting how often two columns have the same values?如何在 R 中创建一个对称矩阵，计算两列具有相同值的频率？
【发布时间】：2020-04-17 15:37:42
【问题描述】：

假设我有一个这样的数据框：

ID sp1 sp2 sp3
1  NA   1   1
2  0    0   1
3  1    NA  0
4  1    1   1

这是我想要的：

此处显示两列具有相同值1 的次数。

由于原始数据帧很大，我希望找到一种有效的方法来解决这个问题。

非常感谢您的努力。

【问题讨论】：

4:4中的单元格不应该是3吗？
@Lamia 是的，非常感谢。我已经修改过了。

标签： r dplyr data.table symmetric

【解决方案1】：

为了从您的数据创建一个共现矩阵，您首先需要将您的 NAs 转换为 0，然后在没有第一个 ID 列的情况下对您的数据进行叉积：

x = data.frame(ID = c(1:4), sp1 = c(NA,0,1,1), sp2 = c(1,0,NA,1), sp3 = c(1,1,0,1))
x[is.na(x)] = 0
crossprod(t(x[-1]))

     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    2    1    0    2
[2,]    1    1    0    1
[3,]    0    0    1    1
[4,]    2    1    1    3

【讨论】：

谢谢@Lamia 我认为这是我需要的。但也许我的数据太大了，结果出现错误“无法分配大小为 500Gb 的向量”。谢谢大家，我会尝试对数据集进行子集化。
看看Matrix 包中稀疏矩阵的交叉产品。它应该更节省内存。