R Circlize，带空扇区的和弦图答案

【问题标题】：R Circlize, Chord graph with empty sectorsR Circlize，带空扇区的和弦图
【发布时间】：2015-05-25 06:14:27
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建一个和弦图。我想包括没有流出的扇区（没有从它们发出的链接）。有没有办法：

强制程序从我的数据框中报告行，即使该行中只有零。
抑制自循环。（小插图要求您在对角线处输入零来执行此操作，但我们又回到了第一个问题。）

我已附上我的代码。

chordDiagram(mat, symmetric = TRUE, keep.diagonal = TRUE, order = union(rownames(mat), colnames(mat)),
             directional = FALSE, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = list(
               list(track.height = 0.05),
               list(track.height = 0.05))
)

这是一些示例数据。

    a.1 a.2 a.3 a.4 a.5 a.6 a.7 a.8 a.9
a.1 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.2 0   1   0   0   0   0   0   1   0
a.3 0   0   1   0   0   0   0   0   0
a.4 0   0   0   1   0   0   0   0   0
a.5 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.6 0   0   0   0   0   1   0   0   1
a.7 0   0   0   0   0   0   1   0   1
a.8 0   1   0   0   0   0   0   1   1
a.9 0   0   0   0   0   1   1   1   1

【问题讨论】：

请添加一个小示例数据集，以便我们运行您的命令。

标签： r plot circos circlize

【解决方案1】：

由于该扇区没有链接，您如何定义该扇区的宽度？

无论如何，您可以通过为该向量分配一些值来添加一个“空”扇区并使用完全透明的颜色绘制链接。

> mat = matrix(c(5, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 3, 2), 3)
> colnames(mat) = letters[1:3]
> rownames(mat) = letters[1:3]
> mat
  a b c
a 5 0 0
b 0 2 3
c 0 3 2

> col = matrix(rand_color(9), 3)
> col[1, 1] = "#FFFFFF00"
> chordDiagram(mat, col = col)

【讨论】：