如何解决与 R 中的 S4 对象相关的错误消息？答案

【问题标题】：How to adress error message related to S4 object in R?如何解决与 R 中的 S4 对象相关的错误消息？
【发布时间】：2021-09-11 09:49:00
【问题描述】：

我在 R 中使用 spatstat 包。我正在研究物种分布模型，主要是点过程模型。

我的目标是评估 Gibbs、Log-Gaussian Cox 以及更多点过程的点过程模型的预测性能。

我已将 Gibbs 模型拟合到我的数据和进行预测时

predict(f.ppm, window = W, covariates=present$bio4)

发生错误

协变量中的错误[covnames.needed]：object de type 'S4' non indicable

这意味着无法识别“S4”类型的对象。

present 产生：

class      : RasterStack 
dimensions : 694, 350, 242900, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution : 1000, 1000  (x, y)
extent     : 248674.5, 598674.5, 683042.6, 1377043  (xmin, xmax, ymin, ymax)
crs        : +proj=utm +zone=31 +ellps=WGS84 +units=m +no_defs 
names      :       bio4,       llds,       mimq,        pet,         SV 
min values :   10.02888,    4.00000,   95.45561, 1293.52945,    0.00000 
max values :   25.00000,    8.00000,  222.91389, 2062.00000,    7.80565

【问题讨论】：

您能提供数据吗？请参阅stackoverflow.com/help/minimal-reproducible-example 我认为您的问题来自present$bio4。它的输出是什么？

标签： r spatstat

【解决方案1】：

大概您的对象f.ppm 是ppm 类的拟合模型。然后您的代码正在为此类predict.ppm 调用predict 方法。 predict.ppm 的帮助文件指出参数 covariates 应该是“一个数据帧，或者一个类 im 的像素图像列表”。您的数据present$bio4 不符合这两种格式。您需要将数据转换为所需的格式。

【讨论】：