Networkx 解析 gml 写入不可用的 gml 文件答案

【问题标题】：Networkx parse gml writing unusable gml filesNetworkx 解析 gml 写入不可用的 gml 文件
【发布时间】：2013-10-14 03:10:52
【问题描述】：

我一直在尝试将一些附加属性解析到 networkx gml 以供以后使用，但我遇到了问题。

当从 Cytoscape 给定一个 gml 文件时，networkx 会输出一个它自己无法读取的 gml 文件。

即Cytoscape -> 进入 networkx -> 输出 -> 进入 networkx -> 错误：

pyparsing.ParseException: Expected "]" (at char 1116756), (line:71732, col:3)

现在，错误要求在节点之后附加一个 ]（也就是使图形忽略边），如果您这样做，图形就可以工作。但是，它不再有任何边缘。

为了完全测试这一点，我完全不更改代码就做了“Cytoscape -> Into networkx -> Output”，只是：

DG = nx.read_gml("KeggComplete.gml", relabel = True)
nx.write_gml(DG, "KeggCompleteEng.gml")
exit()

然后读入：

BasicGraph = nx.read_gml("KeggCompleteEng.gml", relabel = True)

而且错误仍然可以重现。所以我认为这与networkx如何编写gml文件有关。

我使用的两个文件是：

如果有人可以就为什么会发生这种情况提供一些见解，那将不胜感激！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

这是 NetworkX 在生成嵌套属性（本例中为边缘图形数据）时的一个错误。一组额外的引号被错误地添加到“Line”属性中。

该修复已作为此拉取请求的一部分合并： https://github.com/networkx/networkx/pull/981

【讨论】：

【解决方案2】：

在识别何时发生解析错误时，Pyparsing 并不是最聪明的库。该库的更新版本确实支持更好的错误识别，但它们需要对解析器进行一些更新才能获取此信息。

没有看到解析器，根据您的描述，听起来解析器希望看到如下内容：

[
  [
  bunch of nodes...
  ]
  [
  optional bunch of edges...
  ]
]

发生的情况是它成功地通过了“节点束...”，然后在“可选的边缘束...”部分的一个边缘中发现了一些语法问题。由于这是可选的，因此只要在节点之后有一个关闭的 ']'，事情仍然有效。这就是为什么您会收到 pyparsing 异常消息。但真正的问题是其中一条边有错字。

要诊断此问题，请尝试仅向解析器提供前几个边缘。然后继续添加越来越多的边，直到出现 pyparsing 错误 - 最近添加的边包含严重的语法错误。

【讨论】：