如何在 iPython 笔记本中使用 d3.js 可视化图形？

Question

我有一个图表，我想使用 d3.js 进行可视化。具体来说，我有一个如下所示的邻接矩阵（选择数据，而不是完整集）：

Node 1    Node 2    Weight
A         B         1.0
A         C         1.0
A         D         1.5
B         D         1.0
...

我希望能够使用 Force-Directed Graph 来显示我的网络，特别是。

我知道如何创建 NetworkX 图，但我希望能够在 d3.js 中尝试这个，因为我希望稍后能够添加节点属性的鼠标悬停显示，我认为这可以使用 d3但不能使用 matplotlib。

我尝试过使用 d3py，但我什至无法让基本示例工作，并且我读到 NetworkX 示例已损坏，并且 repo 已经有一段时间没有更新了。还有其他人知道我是否可以尝试其他方法，或者是否有人可以为我指明第一步？

Answer 1

这里有一个使用 d3.js 强制布局的 NetworkX 示例：http://networkx.github.io/documentation/latest/examples/javascript/force.html

它只是从 networkx 写入一个 JSON 格式的图形对象，d3.js 可以将其加载到网络浏览器中以获取交互式绘图。该代码有点花哨，因为它还可以为您完成网络浏览器部分。

运行它所需的所有代码（包括 d3 部分）都在存储库 https://github.com/networkx/networkx/tree/master/examples/javascript

Answer 2

如果您对替代 JavaScript 框架感到满意，我们一直在构建 http://www.github.com/graphistry/pygraphistry 。这个想法是使用 WebGL 来渲染大图（平移/缩放/等），并将大部分实时计算（布局、过滤器等）卸载到 GPU 云。下面有一个 API 用于控制它，类似于 D3。然而，它对大多数用途来说更容易，因为它简化了常见的大图操作和分析。