如何在 R 中绘制二元变量簇？

【问题标题】：How to plot cluster of binary variables in R?如何在 R 中绘制二元变量簇？
【发布时间】：2016-02-26 19:21:11
【问题描述】：

嗨！

我不熟悉在 R 中使用 kmeans 和集群。我一直在尝试弄清楚如何以一种漂亮且可展示的方式可视化集群。

我附上了一张数据表。有更多的列变量，但这个示例应该可以。该数据最初来自一项调查，答案被记录为 0 和 1，然后相应地使用 kmeans 进行聚类。

如果有任何关于如何绘制此图的建议或帮助，我将不胜感激。

【问题讨论】：

这些不是二进制变量吗？
抱歉应该已经澄清了。原始数据是二进制的。附表已应用聚类。

标签： r cluster-analysis k-means

【解决方案1】：

我认为最简单的方法是通过某种类型的排序，然后用文本标签绘制排序，指示数据点在哪个集群中。

我将举一个使用素食计划中包含的数据的示例。我不会在排序之前包括标准化数据等步骤，也不会指出应该使用哪种排序方法。这将因数据类型而异。

library(vegan)
data(varespec)
ord=metaMDS(varespec,k=3,engine="monoMDS") #create ordination
km=kmeans(varespec,3) #kmeans clustering with 3 groups
fig=ordiplot(ord) 
ordiplot(fig,type="n") #plot ordination
text(fig,"sites",km$cluster,cex=0.8) #add cluster membership as text

这会给你一些基本的东西，比如：

这可能不太漂亮，但很容易解释。

【讨论】：

非常感谢。我会试一试并及时通知您。