将 BioFormats 文件导入 Matlab 时出错

Question

我正在尝试将 Slidebook v4.2 中的 .spl 文件导入 Matlab，但遇到了问题。

我从here 下载了函数和 loci_tools.jar。我用它们导入了一个有小问题的文件（它让 Z 平面和时间点倒退，以及用错误的采集通道错误命名了一些文件）但我找出了问题的模式并能够解决他们。

然后我尝试导入另一个文件，但我遇到了这个我无法解决的错误。任何想法将不胜感激。我是在 matlab 中使用 java 和 java 的新手。这是我得到的错误：

I = bfopen(‘filename.spl’);
Finding offsets to pixel data
Determining dimensions
Reading series #1
    .Error using loci.formats.ChannelSeparator/openBytes
Java exception occurred:
java.lang.IllegalArgumentException: Negative position
at sun.nio.ch.FileChannelImpl.read(FileChannelImpl.java:600)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocateDirect(NIOByteBufferProvider.java:133)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocate(NIOByteBufferProvider.java:118)
at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:532)
at loci.common.NIOFileHandle.seek(NIOFileHandle.java:254)
at loci.common.RandomAccessInputStream.seek(RandomAccessInputStream.java:140)
at loci.formats.in.SlidebookReader.openBytes(SlidebookReader.java:130)
at loci.formats.ImageReader.openBytes(ImageReader.java:414)
at loci.formats.ChannelFiller.openBytes(ChannelFiller.java:197)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:226)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:159)

Error in bfGetPlane (line 75)
plane = r.openBytes(iPlane - 1, ip.Results.x - 1, ip.Results.y - 1, ...

Error in bfopen (line 144)
    arr = bfGetPlane(r, i, varargin{:});

Answer 1

请尝试最新版本的 Bio-Formats 5。您可以通过enabling the Bio-Formats 5 update site 在斐济轻松使用它，或者在 MATLAB 中使用来自 Jenkins 的latest loci_tools.jar。

如果您仍然遇到错误，请随时report a bug。也就是说，推荐的方法是将您的数据从 Slidebook 软件导出到OME-TIFF format。

不幸的是，尽管 3i 幻灯片很受欢迎，但它可能是我们尝试在 Bio-Formats 中支持的最神秘和最困难的格式。我们曾多次与幻灯片开发人员会面，讨论如何最好地处理这个问题。但 SLD 格式从未打算供公众使用，它会随着 Slidebook 软件的每次迭代而不断发展。因此，我们确定的折衷方案是让 Slidebook 软件支持强大的 OME-TIFF 格式导出，从而保留丰富的显微镜相关元数据。来自Bio-Formats 3i Slidebook page：

我们强烈建议用户使用 SlideBook 软件将他们的 .sld 文件导出到 OME-TIFF。 Bio-Formats 不太可能支持 .sld 文件中包含的所有元数据，因此从 SlideBook 导出到 OME-TIFF 是确保保留所有元数据的最佳方式。

我知道这并不完全令人满意，但不太可能很快改变。也许如果许多客户表示强烈希望 Slidebook 团队使 SLD 格式在 Bio-Formats 中更好地工作，他们会采取一些措施来重新设计格式...

另见：Bio-Formats FAQ: Why do my Slidebook files take a long time to open?