R中的千层面图答案

【问题标题】：Lasagna plots in RR中的千层面图
【发布时间】：2013-07-23 20:21:09
【问题描述】：

我在R 中阅读了有关Lasagna plots 的信息。在链接中论文的附录中，作者有很多代码来实现这些图。但这是一个 pdf，我无法复制到 RStudio（至少，我还没弄清楚如何）。有没有人把这些做成一个包，或者有没有人有更可用格式的代码？

【问题讨论】：

这些看起来很好吃，+1 ...来自浏览图。 1，我想heatmap() 的一些有针对性的使用可能会让你朝着某个方向前进......
来自文章：“烤宽面条图：意大利面条图的俏皮替代品”:-)
@Joran 我做到了，我还没有收到回复。我想也许其他人已经这样做了，所以我想我也会在这里问。（另外，我传播了一个很酷的情节）。
取决于 pdf 的类型：如果您选择文本工具（在 Adobe Reader 或您选择的 PDF 查看器中），您无法复制和粘贴？另一种方法是通过 Calibre 运行 PDF 文档。但是：我在您的链接文档中根本看不到任何代码。代码本身在哪里？
该死，补充中的语法似乎确实笨拙：Swihart 等人显然还定义了具有超过 30 个（！）参数的绘图函数，而没有设置任何默认值；出于实际原因，如果有人真正阅读了论文中的描述并定义了他/她自己的实现（并且可能会在下面发布它），那么它甚至可能会更有效......

标签： r graph

【解决方案1】：

回答实际问题：代码在此处的 pdf 文档中：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2937254/bin/NIHMS225391-supplement-1.pdf

我在 Adobe Reader 中轻松选择了代码并将其复制/粘贴到文本文档中。

【讨论】：

当。这次奏效了。谢谢。无论如何，现在对千层面图的参考就在这里。但是，鉴于@TexB 的评论，我不确定是否应该将其标记为已回答，因为可能会有更好的代码。

【解决方案2】：

烤宽面条图看起来就是热图，虽然名字很可爱。热图在其他包中绘制得非常好。考虑 Carl Witthoft 指出的代码中的第一个示例图。您可以像这样在ggplot 中复制它：

## Create the data
palette <- brewer.pal(4, "PuOr")[-2]
## the matrix containing data for Figure 02a
H.mat <- matrix(NA, nrow=4, ncol=6)
H.mat[1, 1:6] = 100*c(2, 1, 1, 1, 1, 2)
H.mat[2, 1:6] = 100*c(2, 2, 2, 3, 2, 1)
H.mat[3, 1:6] = 100*c(2, 2, 1, 1, 1, 3)
H.mat[4, 1:6] = 100*c(3, 3, 2, 1, 2, 3)

library(ggplot2)
library(reshape2)
rownames(H.mat)<-c('P1','T1','P2','T2')
colnames(H.mat)<-seq(ncol(H.mat))
names(dimnames(H.mat))<-c('Subject','Time')
H.df<-melt(H.mat)

根据您的需要，您可以获得不同类型的颜色。

# For continuous values.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=value)) + geom_tile(colour='black')

# If you consider the value to be categorical.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=factor(value))) + 
  geom_tile(colour='black')

# If you want those exact colours the author used:
col<-palette[match(ordered(H.df$value),levels(ordered(H.df$value)))]
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=col)) + 
  geom_tile(colour='black') + scale_fill_identity()

【讨论】：

我不知道如何正确使用作者所做的确切颜色，所以我使用了俗气的 hack。如果有人能告诉我如何以更自然的方式正确地将自定义颜色提供给 ggplot，请告诉我，我会更改答案。
我想你已经明白了！

【解决方案3】：

多年后，基于 nograpes 的回答开始了一个 github repo。

https://github.com/swihart/lasagnar

【讨论】：