由 Sweave/R 生成的数字以及为什么只有 (PDF)LaTeX

Question

我在这里继续我之前的帖子：

Beginner's questions (figures, bibliography) with Sweave/R/LaTeX---my first document

工作代码在这里复制：

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{Sweave}  %%%%%%
\begin{document}
<<echo=TRUE>>=
x <- rnorm(100)
xm <- mean(x)
xm
@

<<echo=FALSE>>=
x <- rnorm(100)
xm <- mean(x)
xm
@

<<echo=TRUE>>= 
##### Remove all comments from your data file 
test.frame<-read.table(file="apples.d",header=T,sep= "")
names(test.frame)
head(test.frame)
class(test.frame)
@

\begin{figure}[htbp]
\begin{center}
\setkeys{Gin}{width=0.5\textwidth}
<<echo=FALSE,fig=TRUE,width=4,height=4>>=
#### Must tell plot where to get the data from. Could also use test.frame$year
with(test.frame,plot(year,value))
@
\end{center}
\end{figure}
\end{document}

以上内容在RStudio（最新）和Tinn-R（最新）上运行良好，并且生成了所需的pdf文档。

问题：

1. 如果我将上述文件命名为 goodex.snw 并运行 Sweave，我将获得带有 Tinn-R 或 RStudio 的文件 goodex-004.pdf 作为绘图的 PDF 图像。为什么尾随004？这个可以改吗？

2. 可以生成EPS 文件吗？ Sweave编译成PDF的工具是不是只能通过(PDF)LaTeX而不是通过传统的DVI>PS>PDF路线？

3. 只需在 R 命令窗口中运行命令 with(test.frame,plot(year,value)) 即可在 y 轴上生成更多值，即 15000、20000、25000 和 30000。但是在 Sweave 生成​​的 PDF 文件中，我的代码在在这篇文章的顶部，我没有得到 y 轴上的所有值（只有 15000 和 25000）。如何在代码中直接控制绘图的大小，让所有必要的y值都出现？

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更新：文件apples.d 包含：

#Number of apples I ate
year value
8   12050  #year 2008  
9   15292  #year 2009 
10  23907  #year 2010 
11  33997  #year 2011

Answer 1

您的示例无法重现，因为我们没有文件apples.d，所以我们只能猜测情节出错的原因。请看：

How to make a great R reproducible example?

关于如何制作可重现的示例。

请注意Sweave 不是Rstudio 或Tinn-R 的功能，它是一个R 函数(Sweave())，可以从命令行运行或使用R 可执行文件中的参数运行。这可能有助于了解您是否正在搜索信息。

至于你的问题：

1. 地块的名称总是采用FILENAME-CHUNKLABEL.pdf 或eps 的形式，其中块标签可以设置为Sweave 块的选项（它是第一个参数）。如果您不设置块名称，则将枚举绘图。
2. 您可以将eps 与eps=true 选项一起使用。我很确定默认情况下会生成 eps 和 pdf 。至于编译，Sweave 不会自己编译，它会创建一个.tex 文件，您可以以任何您想要的方式使用它。在 R 2.14 中有一个选项可以在生成的 .tex 文件上自动运行 pdfLaTeX。 Rstudio 和 Tinn-R 编译的方式可能是在 Sweave 之后使用 pdfLaTeX 调用。如果您想以不同的方式进行操作，您可以手动操作。
3. 如果没有可重现的示例，我们只能猜测。出了什么问题？您可以使用 xlim 和 ylim 参数设置绘图的限制，但这不应该是这里出了问题。

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编辑：

用数据回复已编辑的问题。首先只是一个提示。这种提供数据的方式并不是最有用的方式。我们当然可以重现这一点，但如果您以我们可以立即运行的方式提供数据，则会容易得多。例如：

test.frame<-data.frame(year=8:11, value= c(12050,15292,23907,33991))

至于情节，你的意思是y轴上的标签？这可以通过在 plot 调用中省略轴并使用 axis() 函数手动设置来更改：

with(test.frame,plot(year,value,axes=FALSE))
axis(1)
axis(2,test.frame$value,las=1)

如果刻度不是始终分布在轴上，这看起来确实有点奇怪。更好的是：

with(test.frame,plot(year,value,axes=FALSE))
axis(1)
axis(2,seq(10000,35000,by=5000),las=1)