Networkx 无法使用 write_adjlist 正确写入文件答案

【问题标题】：Networkx Not Writing FIle Correctly With write_adjlistNetworkx 无法使用 write_adjlist 正确写入文件
【发布时间】：2014-05-15 20:41:22
【问题描述】：

在使用 Python 的 Library Networkx 的函数 write_adjlist (source code) 时遇到以下问题：

输出如下所示：

164021756 15579697
 836289488
 268525305
527465237 1514162604
460419343
 317218275
397533608
 37880000
39066509
 1146692844

什么时候应该是这样的：

164021756 15579697 836289488 268525305
527465237 1514162604
460419343 317218275
397533608 37880000
39066509 1146692844

我不能真正给你数据，因为它有数百万个节点（这可能是这里的一个因素，虽然我不这么认为）但这基本上是我到达那里的方式：

G = nx.DiGraph()
graph_file = open(filename, 'r')

for line in graph_file.readlines():
    try:
        x, y =line.replace('\n','').split(',')
    except: print "didn't work"; continue;
    G.add_edge(x,y)
    G.add_edge(y,x)
    #This is because it's undirected, but I need the relationships 
     to be presented on both  nodes

nx.write_adjlist(G,outfilename)

graph_file 以 userid1,userid2 的形式显示\n

此代码适用于 2k 节点图和 16k 节点图。

错误可能是由于源代码中的 generate_adjlist 函数，但我不太确定。我也感谢所有有关创建邻接列表的其他方法的帮助和建议。

规格：Ubuntu 14.04 64 位、32GB RAM、SSD、AMD FX(tm)-8350 八核处理器

编辑：这就是 graph_file 的样子：

212127041,218628098
840686875,2278293507
1854227586,2278293507
2266167497,2278293507
2254676097,2278293507
2240955304,2278293507
2226709709,2278293507
1859242609,2278293507
341722764,2278293507
1270686055,2278293507
1049821634,2278293507
1003015644,2278293507
616403983,2278293507
556471190,2278293507
27260086,2278293507
714928003,2278293507
1270696736,2278293507
586671909,2278293507
34507480,2278293507

【问题讨论】：

你能显示文件“graph_file”中的一小段数据吗？
完成！它只是格式为“用户，目标”
您是否在 python 2 解释器中运行为 python 3 制作的 networkx 版本，反之亦然？只是确保。
如果你想要无向边，为什么不使用nx.Graph 而不是DiGraph？
除了@otus answer之外，您可能还希望将节点转换为整数或使用nx.read_edgelist(filename, delimiter=",", nodetype=int)

标签： python networkx

【解决方案1】：

您的 graph_file 可能使用除单个 '\n' 之外的行尾格式。例如，“\r\n”或“\n\r”。而不是line.replace('\n','')，试试line.strip()，它会删除所有前导和尾随空格。

【讨论】：