如何使用 geom_dotplot 中的分类数据对点进行分组并限制每列的点数？

Question

我想生成一个包含 3 个类别的分类数据点图，以显示三个类别中每个类别的个体数量。我希望第一个类别（“类型”）位于 y 轴上，水平线分隔每种类型，点堆叠在线上，第二个类别（性别）位于 x 轴上，第三个类别（ disease) 作为填充颜色。

我无法让点正确分组或堆叠，当我让它们正确分组时，它们都在一个太高的长列中，所以我希望这些点最多堆叠到五个点，然后继续一个新的列。

这里是重现数据的代码：

df1 <- data.frame(sex="female", disease="yes", type="B") 
df2 <- data.frame(sex="female", disease="yes", type="C") 
df3 <- data.frame(sex="female", disease="no", type="B") 
df4 <- data.frame(sex="male", disease="yes", type="A") 
df5 <- data.frame(sex="male", disease="yes", type="B") 
df6 <- data.frame(sex="male", disease="yes", type="C") 
df7 <- data.frame(sex="male", disease="no", type="A") 
df8 <- data.frame(sex="male", disease="no", type="B") 
df9 <- data.frame(sex="male", disease="no", type="C") 
df10 <- data.frame(sex="male", disease="no", type="D") 
df2 <-df2[rep(nrow(df2), each = 3), ]
df3 <-df3[rep(nrow(df3), each = 29), ]
df5 <-df5[rep(nrow(df5), each = 3), ]
df8 <-df8[rep(nrow(df8), each = 35), ]
df9 <-df9[rep(nrow(df9), each = 7), ]
df.all<-rbind(df1, df2, df3, df4, df5, df6, df7, df8, df9, df10)

这是我目前所拥有的，但是点堆叠的方向错误并且重叠，我希望它们是五个点的堆叠。：

g<-ggplot(data=df.all)+
geom_dotplot(aes(x=sex, y=type, fill=disease),
binaxis= "y", 
stackgroups = F,
dotsize = 1,
stackdir = "up",
)
g

这是我试图制作的那种情节（但使用我的实际数据）：

Answer 1

当我看到你的模拟情节时，我立刻想到了waffle charts。这可能与您的想法完全不同，但也许它会给您一些想法。

1. 我们首先重新格式化您的样本数据：将字符列转换为因子列，根据我们在图中的最终顺序设置级别，然后添加计数。然后，我们按照 type 和 sex 组合嵌套数据。

library(tidyverse)
df <- df.all %>%
    count(sex, type, disease) %>%
    mutate_if(is.character, as.factor) %>%
    mutate(
        sex = factor(sex, levels = rev(levels(sex))),
        disease = factor(disease, levels = rev(levels(disease)))) %>%
    complete(type, nesting(disease, sex), fill = list(n = 0)) %>%
    group_by(sex, type) %>%
    nest()

1. 我们现在为每个type 和sex 生成一个waffle::waffle，并将ggplot 对象存储在list 中。

library(waffle)
lst <- df %>%
    mutate(data = map(
        data, ~ .x %>%
            deframe() %>%
            waffle(
                rows = 5, 
                size = 1, 
                colors=c("#c7d4b6", "#a3aabd")) +
            theme(legend.position = "none"))) %>%
    pull(data)

1. 我们现在将绘图对象布置在网格中并添加列和行标签（在 this post 的帮助下）

library(gridExtra)
library(grid)
combine <- rbind(
    tableGrob(
        t(df %>% pull(sex) %>% levels), theme = ttheme_minimal(), rows = ""), 
    cbind(tableGrob(
        df %>% pull(type) %>% levels, theme = ttheme_minimal()), 
        arrangeGrob(grobs = lst, ncol = 2),  size = "last"), size = "last")
grid.newpage()
grid.draw(combine)