使用ggplot2的带有误差线的堆叠条形图

Question

我正在尝试使用 ggplot2 创建带有错误栏*的堆叠条形图，类似于下图：

我使用了以下代码：

df <- data.frame(substrate = gl(6, 2, 12, labels=letters[1:6]),
                 depth = gl(2, 1, 12, labels=c("surf", "deep")),
                 mean = 10 * runif(12),
                 err = runif(12))
p <- ggplot(df, aes(x=depth, y=mean, fill=substrate)) + geom_bar(stat="identity") + coord_flip()
p + geom_errorbar(aes(x=depth, ymin=mean-err, ymax=mean+err))

这给了我这个：

它看起来像平均值位置的误差条中心，而不是平均值 +“先前”基板的平均值。也就是说，errorbar a 的中心应该在 a 的均值处，errorbar b 的中心应该在 mean a + mean b 处，以此类推。

有谁知道如何在 ggplot2 中实现这一点？

*我意识到不以这种方式显示数据有很好的理论上的理由 - 但我们并不总是能够自己决定如何呈现我们的数据！

Answer 1

我想你可以用geom_segment 做到这一点，但你的例子只有一个方向的条，这似乎更聪明。所以我和geom_segment一起破解了一些东西：

df <- data.frame(substrate = gl(6, 2, 12, labels=letters[1:6]),
                 depth = gl(2, 1, 12, labels=c("surf", "deep")),
                 mean = 10 * runif(12),
                 err = runif(12))
df <- ddply(df,.(depth),transform,ystart = cumsum(mean),yend = cumsum(mean) + err)
p <- ggplot(df, aes(x=depth, y=mean, fill=substrate)) + 
        geom_bar(stat="identity")
p + geom_segment(aes(xend = depth,y = ystart,yend = yend)) + 
        geom_point(aes(x = depth,y = yend),shape = "|",show_guide = FALSE) +
        coord_flip()