【问题标题】：Prevent ggarrange() from hiding significance stars on plot(?)防止 ggarrange() 在 plot(?) 上隐藏重要星
【发布时间】：2021-04-23 15:09:32
【问题描述】：

我正在使用这个功能：

source("https://raw.githubusercontent.com/RemPsyc/niceplots/master/niceViolinFunction.R")

要做这两个图：

(niceViolin(group = mtcars$cyl,
            response = mtcars$mpg,
            comp1 = 1,
            comp2 = 3) -> plot1)

(niceViolin(group = mtcars$cyl,
            response = mtcars$disp,
            comp1 = 1,
            comp2 = 3) -> plot2)

我想ggarrange他们，像这样：

library(ggpubr)
(fig1 <- ggarrange(plot1, plot2,
                   labels = c("A", "B"),
                   ncol = 1, nrow = 2))

问题

如您所见，ggarrangement 隐藏了部分星号（重要星号），除非我以更高的高度（我不想要）保存它们。

问题

解决这个问题的最佳方法是什么？

注意：水平排列它们不是一个解决方案，因为我提供了一个可重复性最低的示例，但假设有一个大的图矩阵。也可以更改底层功能，因为问题似乎与 ggsignif() 和 geom_signif 有关。

【问题讨论】：

我发现 patchwork 包更容易用于布局多个地块

标签： r ggplot2 annotations data-visualization ggpubr

【解决方案1】：

我希望有一个自动化的解决方案，但一种解决方法是通过模仿（尽可能接近）自动值来手动更改 y 轴刻度最大值。通过使 y 轴稍微高一点，它可以容纳星号。但是，有时（例如，图 2）由于这种调整，y 轴看起来与原始轴不完全相同。

(niceViolin(group = mtcars$cyl,
            response = mtcars$mpg,
            ymin = 10,
            ymax = 37,
            yby = 5,
            comp1 = 1,
            comp2 = 3) -> plot1)

(niceViolin(group = mtcars$cyl,
            response = mtcars$disp,
            ymin = 50,
            ymax = 520,
            yby = 100,
            comp1 = 1,
            comp2 = 3) -> plot2)

# Corrected ggarrangement
library(ggpubr)
(fig1 <- ggarrange(plot1, plot2,
                   labels = c("A", "B"),
                   ncol = 1, nrow = 2))

【讨论】：