尝试在 Linux 集群中运行代码时找不到 Matplotlib答案

【问题标题】：Matplotlib not found when trying to run code in Linux cluster尝试在 Linux 集群中运行代码时找不到 Matplotlib
【发布时间】：2021-01-04 04:08:58
【问题描述】：

我在通过 ssh 连接到 Linux 集群时运行 Julia 脚本。代码加载 matplotlib 如下：

import Distributed   
using Distributed  

@everywhere  pushfirst!(Base.DEPOT_PATH,"/tmp/test.cache")   
   
@everywhere import PyCall   
@everywhere import PyPlot   
@everywhere pyimport matplotlib.pyplot as mpl

当我从终端运行它时，我的代码运行良好。但是，当我通过 Torque 提交作业时，输出文件 can be found here, and appears to suggest that the code cannot find matplotlib.

我对上面的内容有点困惑。为什么我在终端运行代码可以正常运行，但是提交PBS文件就不行了？为什么找不到matplotlib？它使用 usr/bin/ 中的 python，我相信这是我的默认 python。我试过运行 pip，但它说 matplotlib 已更新。在尝试导入 matplotlib 之前，我还导入了其他包（如 numpy 和 datetime），并且没有错误。当我在集群的终端中运行 Julia 并调用 PyCall，然后运行

julia> @pyimport matplotlib

它加载完全正常。我做错了什么？

一个相关的问题（我的 .pbs 文件）可以是found here: Module FixedPointNumbers missing from the cache when running Julia on cluster 。

编辑：一件事是当我在 ssh 进入集群时正常运行 Julia（即，只是在终端中，而不是通过提交 .pbs 文件），我得到了错误

Warning: No working GUI backend found for matplotlib

这是否会导致我在提交作业时遇到问题？

【问题讨论】：

通常，集群上的作业文件不会加载 bashrc（或类似文件）。因此，也许您在常规终端中加载了某个 python 版本，您必须在作业文件中显式加载。例如通过module load pythonXY。只是一个想法。
@crstnbr 我试过编写模块加载 python，但不幸的是这似乎不起作用。我也安装了 python3，但这不是 Julia 调用的 python 版本。

标签： matplotlib julia cluster-computing torque

【解决方案1】：

这个问题与我链接到 Julia 的 Python 包有关。这个版本的 Python 没有安装 matplotlib，在这个版本的 python 上正确安装 matplotlib 的唯一方法是拥有管理员权限。我解决这个问题的方法是将 Julia 中的 Python 环境设置为 Julia 自己的 Conda 发行版：

julia> ENV["PYTHON"] = ""

然后我用 Conda 安装了 matplotlib。最后，我确保在 .pbs 文件中始终使用相同版本的 Julia；即，

module load julia/my_version

进行这些更改后，一切似乎都正常。

【讨论】：