如何从字符串列表的文件中grep完全匹配答案

【问题标题】：How to grep exact matches from a file of a list of strings如何从字符串列表的文件中grep完全匹配
【发布时间】：2014-02-27 16:55:47
【问题描述】：

我有一个文件 A，其中有一列包含这样的字符串列表：

ADAMTS9
AIP
....

我想使用文件 A 中的字符串来 grep 文件 B 中包含它们的行，文件 B 看起来像这样：

chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +
chr19   50180408        50193000        AIP-S1   6532    -

我用过：

grep -F -i -w -f A B

它能够 grep 上面的所有 3 行。但是，我只希望前两行被 grep'ed 和 AIP-S1 的第三行与 AIP 不完全匹配..

谁能告诉我如何修复命令来做到这一点？

谢谢。

【问题讨论】：

标签： bash grep

【解决方案1】：

您可以使用 awk 代替：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($4 in a)' A B
chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +

或在任何字段中搜索：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} {for (i=1; i<=NF; i++) if ($i in a) print}' A B

【讨论】：

【解决方案2】：

您正在使用-w 进行全词搜索。问题是“AIP-S1”中的“-”字符是不是一个单词字符。所以“AIP”是作为一个完整的词找到的。

这个疯狂的命令用于将模式文件转换为包含“类似单词边界”的模式：

$ grep -if <(sed 's/^/\\(^\\|[[:space:]]\\)/; s/$/\\($\\|[[:space:]]\\)/' A) B
chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +

【讨论】：