为 makefile 组合文件导致没有目标

Question

我有以下文件和目录结构，其中包含很多文件和目录：

$ tree
input/
├── C-1-28558666
│   ├── MGRF-C1_S10_L001_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L001_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L002_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L002_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L003_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L003_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C1_S10_L004_R1_001.fastq.gz
│   └── MGRF-C1_S10_L004_R2_001.fastq.gz
├── C-2-28577664
│   ├── MGRF-C2_S11_L001_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L001_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L002_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L002_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L003_R1_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L003_R2_001.fastq.gz
│   ├── MGRF-C2_S11_L004_R1_001.fastq.gz
│   └── MGRF-C2_S11_L004_R2_001.fastq.gz 
...

每个文件名都包含 R1 或 R2。具有 R1 和 R2 的文件属于一起，下面的命令使用这两个文件和一个 dm6.fasta.bwt 文件。

bwa mem ref/dm6.fasta.bwt input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R1_001.fastq.gz input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R2_001.fastq.gz | samtools view -Sb - > BAMs/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001.bam

我已尝试编写以下 Makefile 规则：

BAMs/%.bam: $(addsuffix .bwt,${REFERENCE}) $(foreach SIDE,R1 R2, ../MGRF_NGS_KUMARAN-25071046/*/*${SIDE}*.fq.gz )
    bwa mem ${REFERENCE} $(filter %.fq.gz,$^) | samtools view -Sb - > @>

但是，我得到了：

$ make -n 
make: *** No targets.  Stop.

如何修复上面的 Makefile？

Answer 1

您的第一个问题来自这样一个事实，即如果没有明确请求模式规则，它们就不会创建目标。因此，您需要明确列出要制作的目标。在以下示例中，它们列在BAMS make 变量中，然后用作all 目标的依赖项，这是makefile 的第一个目标。因此all 是默认目标，输入make 或make all 将构建所有bams。

您的第二个问题是处理每个bam 目标的R1 和R2 依赖项对。 GNU make static 模式规则在这种情况下非常有用：

REFERENCE := ref/dm6.fasta
DIRS := $(wildcard input/*)
R1S  := $(foreach dir,$(DIRS),$(wildcard $(dir)/*_R1_001.fastq.gz))
RR1S := $(patsubst input/%_R1_001.fastq.gz,%,$(R1S))
BAMS := $(patsubst %,BAMs/%.bam,$(RR1S))

all: $(BAMS)

$(BAMS): BAMs/%.bam: $(REFERENCE).bwt input/%_R1_001.fastq.gz input/%_R2_001.fastq.gz
    @mkdir -p $(dir $@); \
    bwa mem $^ | samtools view -Sb - > $@

target: target-pattern: prerequisite-pattern 是静态模式规则。

GNU make 还有几个函数（call、eval、foreach）可用于更复杂的示例：

REFERENCE := ref/dm6.fasta
DIRS := $(wildcard input/*)
R1S  := $(foreach dir,$(DIRS),$(wildcard $(dir)/*_R1_001.fastq.gz))
RR1S := $(patsubst input/%_R1_001.fastq.gz,%,$(R1S))
BAMS := $(patsubst %,BAMs/%.bam,$(RR1S))

all: $(BAMS)

define BAM_rule
BAMs/$(1).bam: $(REFERENCE).bwt input/$(1)_R1_001.fastq.gz input/$(1)_R2_001.fastq.gz
    @mkdir -p $$(dir $$@); \
    bwa mem $$^ | samtools view -Sb - > $$@
endef

$(foreach r,$(RR1S),$(eval $(call BAM_rule,$(r))))

说明：

RR1S 变量列出了所有 C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001 词干。然后使用它来构建列出目标的BAMS 变量。 BAM_rule 变量是从其对应的 R1 和 R2 依赖项构建 bam 目标的规则框架。 $(1) 是使用call 函数时将被扩展的参数：$(call BAM_rule,foo) 扩展BAM_rule 并将所有出现的$(1) 替换为foo。请注意，某些$ 符号必须加倍才能被第一次扩展保留。最后，

$(foreach r,$(RR1S),$(eval $(call BAM_rule,$(r))))

遍历所有词干并使用eval 函数为每个词干实例化一个BAM_rule，由call 扩展和专门化。

然后，正常的 make 扩展会将 BAM_rule 的每个实例转换为您将为给定目标手动编写的规则：

BAMs/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001.bam: ref/dm6.fasta.bwt input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R1_001.fastq.gz input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R2_001.fastq.gz
    @mkdir -p BAMs/C-1-28558666; \
    bwa mem ref/dm6.fasta.bwt input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R1_001.fastq.gz input/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001_R2_001.fastq.gz | samtools view -Sb - > BAMs/C-1-28558666/MGRF-C1_S10_L001.bam