【发布时间】：2013-05-11 21:43:24
【问题描述】：
我有一个由 ggplot2 生成的图，其中包含两个图例。这 图例的放置不理想，所以我想调整一下 他们。我一直在尝试模仿中显示的方法 the answer to "How do I position two legends independently in ggplot"。 该答案中显示的示例有效。 但是，我无法让所描述的方法适用于我的情况。
我正在使用 R 2.15.3 (2013-03-01)、ggplot2_0.9.3.1、lattice_0.20-13、gtable_0.1.2、gridExtra_0.9.1 关于 Debian 挤压。
考虑由minimal.R 生成的图。这类似于
我的实际情节。
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minimal.R
########################
get_stat <- function()
{
n = 20
q1 = qnorm(seq(3, 17)/20, 14, 5)
q2 = qnorm(seq(1, 19)/20, 65, 10)
Stat = data.frame(value = c(q1, q2),
pvalue = c(dnorm(q1, 14, 5)/max(dnorm(q1, 14, 5)), d = dnorm(q2, 65, 10)/max(dnorm(q2, 65, 10))),
variable = c(rep('true', length(q1)), rep('data', length(q2))))
return(Stat)
}
stat_all<- function()
{
library(ggplot2)
library(gridExtra)
stathuman = get_stat()
stathuman$dataset = "human"
statmouse = get_stat()
statmouse$dataset = "mouse"
stat = merge(stathuman, statmouse, all=TRUE)
return(stat)
}
simplot <- function()
{
Stat = stat_all()
Pvalue = subset(Stat, variable=="true")
pdf(file = "CDF.pdf", width = 5.5, height = 2.7)
stat = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type",
labels=c("Gene segments", "Model"), guide=guide_legend(override.aes = list(size = 2))) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""))
print(stat)
dev.off()
}
simplot()
这将导致以下情节。可以看出，Data type
和Pvalue 传说没有很好的定位。我将此代码修改为
minimal2.R.
对于版本 1，应该将图例放在顶部，代码运行 没有错误，但没有显示图例。
编辑：显示了两个框，一个在另一个之上。最上面的
为空白。如果我没有按照@baptiste 的建议在grid.arrange() 中设置高度，
然后图例和绘图都放在底部框中。
如果我如图所示设置高度，则看不到图例。
EDIT2：似乎grid.newpage调用了额外的空白框，
我从前面的问题中复制的。我不确定它为什么在那里。
如果我不使用那条线，那么我只会得到一个框/页。
使用第 2 版，我收到此错误。
Error in UseMethod("grid.draw") :
no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "c('gg', 'ggplot')"
Calls: simplot -> grid.draw
编辑：如果我按照@baptiste 的建议使用print(plotNew)，那么我会收到以下错误
Error in if (empty(data)) { : missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: simplot ... facet_map_layout -> facet_map_layout.grid -> locate_grid.
我试图弄清楚这里发生了什么，但我找不到太多 相关信息。
注意事项：
我不知道为什么我会得到楼梯效果 经验 CDF。我敢肯定有一个明显的解释。请 知道的请赐教。
我愿意考虑替代此代码甚至 ggplot2 制作这张图，如果有人可以提出替代方案， 例如matplotlib，我从未认真尝试过。
-
添加
print(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2)))给
minimal2.R给我TableGrob (7 x 7) "layout": 12 grobs z cells name grob 1 0 (1-7,1-7) background rect[plot.background.rect.186] 2 1 (3-3,4-4) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.135] 3 2 (3-3,6-6) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.141] 4 5 (4-4,3-3) axis-l absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.129] 5 3 (4-4,4-4) panel gTree[GRID.gTree.155] 6 4 (4-4,6-6) panel gTree[GRID.gTree.169] 7 6 (5-5,4-4) axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.117] 8 7 (5-5,6-6) axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.123] 9 8 (6-6,4-6) xlab text[axis.title.x.text.171] 10 9 (4-4,2-2) ylab text[axis.title.y.text.173] 11 10 (4-4,4-6) guide-box gtable[guide-box] 12 11 (2-2,4-6) title text[plot.title.text.184]我不明白这个故障。谁能解释一下？做
guide-box对应传说，怎么知道的？
这是我的代码的修改版本，minimal2.R。
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minimal2.R
########################
get_stat <- function()
{
n = 20
q1 = qnorm(seq(3, 17)/20, 14, 5)
q2 = qnorm(seq(1, 19)/20, 65, 10)
Stat = data.frame(value = c(q1, q2),
pvalue = c(dnorm(q1, 14, 5)/max(dnorm(q1, 14, 5)), d = dnorm(q2, 65, 10)/max(dnorm(q2, 65, 10))),
variable = c(rep('true', length(q1)), rep('data', length(q2))))
return(Stat)
}
stat_all<- function()
{
library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(gtable)
stathuman = get_stat()
stathuman$dataset = "human"
statmouse = get_stat()
statmouse$dataset = "mouse"
stat = merge(stathuman, statmouse, all=TRUE)
return(stat)
}
simplot <- function()
{
Stat = stat_all()
Pvalue = subset(Stat, variable=="true")
pdf(file = "CDF.pdf", width = 5.5, height = 2.7)
## only include data type legend
stat1 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=guide_legend(override.aes = list(size = 2))) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE)
## Extract data type legend
dataleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat1)), "guide-box")
## only include pvalue legend
stat2 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""))
## Extract pvalue legend
pvalleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2)), "guide-box")
## no legends
stat = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE)
## Add data type legend: version 1 (data type legend should be on top)
## plotNew <- arrangeGrob(dataleg, stat, heights = unit.c(dataleg$height, unit(1, "npc") - dataleg$height), ncol = 1)
## Add data type legend: version 2 (data type legend should be somewhere in the interior)
## plotNew <- stat + annotation_custom(grob = dataleg, xmin = 7, xmax = 10, ymin = 0, ymax = 4)
grid.newpage()
grid.draw(plotNew)
dev.off()
}
simplot()
【问题讨论】：
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我对这个问题的答案很感兴趣（因此独立于问题），但就视觉而言，您可以直接标记线条而不是使用图例吗？
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@TylerRinker：我不确定你的想法。你能详细说明一下吗？
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并不是说直接标签包是完成此任务的唯一方法，而是类似于this。这减少了眼睛的搜索量，减少了处理需求，这意味着数据在工作记忆中占据了空间，而不是线条的颜色意味着什么。
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@TylerRinker：我明白你的意思。虽然有两个相似的地块会有重复。无论如何，您知道如何在 ggplot2 中执行此操作吗？
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在版本 2 中，您最终会得到一个 ggplot2，因此您可以简单地
print()它（grid.draw 不知道该做什么并返回错误）。