rstudio 调用 fortran 子例程 - 未定义符号错误答案

【问题标题】：rstudio calls fortran subroutines - undefined symbol errorrstudio 调用 fortran 子例程 - 未定义符号错误
【发布时间】：2016-05-18 04:43:12
【问题描述】：

如果这对某些人来说是一个简单的问题，我深表歉意，但我无法在任何地方找到解决方案。我是 RStudio 初学者，我想从 RStudio 中调用开源 fortran77 模拟程序（其中也有 c 和 c++ 代码）的特定例程。 Fortran 程序使用 Makefiles 进行编译，它会生成许多 .o 目标文件（顺便说一下，我使用的是 Unix）。我在 fortran 中编写了一个包装文件，它与模拟程序一起编译，RStudio 应该使用它来调用 fortran 例程。我生成该包装文件的共享对象文件 .so，如果我在该包装文件中有简单的计算，一切都会很好。我遵循与这篇出色的帖子相同的过程： http://www.r-bloggers.com/fortran-and-r-speed-things-up/

我成功地使用了 dyn.load 和 .Fortran，只要我不调用位于另一个文件（并且对应于其他目标文件和其他 .so 文件）中的子例程，我就会返回结果。当我尝试从包装子例程中调用另一个子例程时，我收到以下错误：

Error in dyn.load("rwrapper.so") : 
  unable to load shared object '/home/adminuser/ESP-rSource/src/esrubps/rwrapper.so':
  /home/adminuser/ESP-rSource/src/esrubps/rwrapper.so: undefined symbol: runit_

runit（不带下划线）是另一个子程序，它位于另一个文件中并且有另一个目标文件。然后我尝试为该 runit 子例程创建第二个共享对象文件，并且我还使用 dyn.load 加载它，但它没有解决问题。我可能在这里做错了什么，但我不知道是什么。我是否需要将所有对象文件转换为 .so 共享对象文件，然后使用 dyn.load 加载每个文件（大约有 100 个 .o 文件）或者“包装器/通信”文件方法是否有效？有没有办法在 fortran 程序和 RStudio 之间建立通信？我在此处粘贴我的 RStudio 脚本仅供参考（请注意，第二个 dyn.load 没有任何区别）：

myrwrapper <- function(rrrandom) {
  if (!is.loaded('rwrapper')) {
    dyn.load("rwrapper.so")
  }
  if (!is.loaded('esru_lib')) {
    dyn.load("./home/adminuser/ESP-rSource/src/lib/esru_lib.so")
  }
  retvals <- .Fortran("RXCHNGE",icomp = as.integer(2), rCOUPLEVAR = as.numeric(rrrandom))
  return(retvals$rCOUPLEVAR)
}

一个简单的解决方案是从两个程序中写入/读取一个文本文件并通过该文件交换数据，但是我的理解是这会使模拟变得非常慢，因为几乎需要打开/关闭一个文件每一步，所以我试图避免这种方法。感谢您的帮助。

【问题讨论】：

既然还没有回应，那我就试着简化一下我上面说的吧。 1. 我使用 RStudio（dyn.load 和 .Fortran）来调用一个 fortran 例程。 2. 当 fortran 例程有简单的内部计算时，我在 RStudio 中收到一个有效的答案 3. 当 fortran 例程调用另一个文件中的另一个子例程时，整个事情都失败了，RStudio 给出一条消息，指出该子例程的名称是一个未定义的符号。它还在子例程名称后放置一个下划线“_”。在同一个文件中调用另一个子例程似乎工作正常。

标签： fortran rstudio gfortran

【解决方案1】：

这实际上比我想象的要容易得多。这是共享 .so 文件的新手错误。创建共享文件并将其链接到两个（或多个）目标文件而不是一个时，问题已解决。例如，如果您有调用 2.F 的 1.F 以及相应的 1.o 和 2.o，则在创建共享文件时应该包括这两个文件： gfortran -shared -o 1plus2.so 1.o 2.o

【讨论】：