【问题标题】:Dead kernel error when opening a notebook打开笔记本时出现死内核错误
【发布时间】:2019-04-01 18:36:18
【问题描述】:

我不得不重新安装新版本的 Julia,因为旧版本坏了。在安装了更新版本的 Julia 之后,我在 Jupyter 上升级到了更新的内核;不幸的是,当我打开现有的 Julia 笔记本时,内核会自动死掉。

根据link 的建议,我发出了这个命令

conda remove ipykernel

解决问题;因为我没有 sudo 权限,所以抛出了以下错误:

CondaIOError: Missing write permissions in ...

有没有办法在不创建虚拟环境的情况下解决这个问题?

按照您的@xiaodai 和@Przemyslaw Szufel 的建议,我被这个错误阻止了


using IJulia
[ Info: Precompiling IJulia [7073ff75-c697-5162-941a-fcdaad2a7d2a]
ERROR: LoadError: ArgumentError: Package ZMQ [c2297ded-f4af-51ae-bb23-16f91089e4e1] is required but does not seem to be installed:
 - Run `Pkg.instantiate()` to install all recorded dependencies.

Stacktrace:
 [1] _require(::Base.PkgId) at ./loading.jl:929
 [2] require(::Base.PkgId) at ./loading.jl:858
 [3] require(::Module, ::Symbol) at ./loading.jl:853
 [4] include at ./boot.jl:326 [inlined]
 [5] include_relative(::Module, ::String) at ./loading.jl:1038
 [6] include(::Module, ::String) at ./sysimg.jl:29
 [7] top-level scope at none:2
 [8] eval at ./boot.jl:328 [inlined]
 [9] eval(::Expr) at ./client.jl:404
 [10] top-level scope at ./none:3
in expression starting at /storage/home/julia_depot/packages/IJulia/9ajf8/src/IJulia.jl:36
ERROR: Failed to precompile IJulia [7073ff75-c697-5162-941a-fcdaad2a7d2a] to /storage/home/julia_depot/compiled/v1.1/IJu
lia/nfu7T.ji.
Stacktrace:
 [1] error(::String) at ./error.jl:33
 [2] compilecache(::Base.PkgId, ::String) at ./loading.jl:1197
 [3] _require(::Base.PkgId) at ./loading.jl:960
 [4] require(::Base.PkgId) at ./loading.jl:858
 [5] require(::Module, ::Symbol) at ./loading.jl:853

我已经按照发出的错误消息的建议

Pkg.instantiate()

我也试过了

using ZMQ
ERROR: ArgumentError: Package ZMQ [c2297ded-f4af-51ae-bb23-16f91089e4e1] is required but does not seem to be installed:
 - Run `Pkg.instantiate()` to install all recorded dependencies.

虽然,ZMQ 已经安装好了。

【问题讨论】:

  • 只需]add ZMQ;,如果仍然失败,请尝试]build ZMQ
  • 试过了,不行:-)

标签: jupyter-notebook julia


【解决方案1】:

我经常遇到这种情况。您可以尝试遵循@Przemyslaw 的建议并删除文件夹或尝试这样做

]update
]build IJulia
using IJulia
notebook()

通常 add 构建 IJulia,但我发现有时在更新后,手动运行 build 可以帮助解决死内核问题。

【讨论】:

  • 我更新了发出using IJulia后收到的错误消息
【解决方案2】:

使用 Julia 内置的 Anaconda 来启动 jupyter notebook。这样,您将没有管理权限,也没有配置虚拟环境来管理您的 Python 安装。

julia> ]
(v1.0) pkg> add IJulia

julia> using IJulia
julia> notebook()

其实你也可以在 Julia 控制台之外运行 Julia Jupyter notebook!

Windows(注意您系统上的路径可能不同):

C:\> %userprofile%\.julia\packages\Conda\hsaaN\deps\usr\Scripts\jupyter-notebook

Linux(请注意,您系统上的路径可能不同,这也应该适用于 OSX):

$ ~/.julia/packages/Conda/hsaaN/deps/usr/bin/jupyter notebook

【讨论】:

  • 我更新了发出using IJulia后收到的错误消息
  • 我的 julia 目录中只有一个名为 logs 的文件夹
  • 它的 .julia 不是 julia 并且通常在您的主文件夹中。并查看您更新的错误,我建议删除 .julia 并重新安装所有软件包。
  • xxxx@comp-ic-0011 .julia]$ ls logs 这些是 .julia 的唯一内容。我之前删除了.julia,之后我意识到它是由于其他一些我不知道的原因而崩溃的;之后我升级到 Julia 1.1.0,现在我遇到了这个死内核错误。
  • 在这种情况下,删除 JULIA_DEPOT_PATH 指向的文件夹中的所有文件并重新安装包
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