默认附加 500 GB 永久磁盘答案

【问题标题】：Additional 500 GB persistent disk attached by default默认附加 500 GB 永久磁盘
【发布时间】：2019-09-20 09:53:52
【问题描述】：

我正在尝试使用 Nextflow 在 GCP 上运行工作流。问题是，每当创建一个实例来运行一个进程时，它都会连接两个磁盘。第一个引导磁盘（默认 10GB）和一个额外的“google-pipelines-worker”磁盘（默认 500GB）。当我并行运行多个进程时，会创建多个 VM，每个 VM 都附加了一个 500GB 的附加磁盘。有没有办法自定义 500GB 默认值？

nextflow.config

process {
    executor = 'google-pipelines'
}

cloud {
    driver = 'google'
}

google {
    project = 'my-project'
    zone = 'europe-west2-b'
}

main.nf

#!/usr/bin/env nextflow

barcodes = Channel.from(params.analysis_cfg.barcodes.keySet())

process run_pbb{
    machineType: n1-standard-2
    container: eu.gcr.io/my-project/container-1

    output:
    file 'this.txt' into barcodes_ch

    script:
    """
    sleep 500
    """
}

提供的代码只是一个示例。基本上，这将创建一个附加了 500GB 标准永久性磁盘的 VM 实例。

【问题讨论】：

标签： google-cloud-platform google-genomics nextflow

【解决方案1】：

我一直在查看Nextflow documentation，具体在哪里：

计算节点本地存储是 Compute Engine 服务为所选机器（实例）类型分配的默认值。目前无法为本地存储指定自定义磁盘大小。

【讨论】：

【解决方案2】：

Nextflow 在上一版本中对此进行了更新，将保留在此处。

第一次运行export NXF_VER=19.09.0-edge

然后在“进程”范围内，您可以像这样声明磁盘指令：

process this_process{
    disk "100GB"
}

这会更新附加的永久性磁盘（默认值：500GB）

仍然没有编辑启动盘大小的功能（默认：10GB）

【讨论】：