如何创建用于读取数据文件的 MacOS/Linux 链接？答案

【问题标题】：How to create MacOS/Linux link for reading data file?如何创建用于读取数据文件的 MacOS/Linux 链接？
【发布时间】：2014-11-16 17:26:40
【问题描述】：

我有一个巨大的原始数据文件，我不打算更改或复制它。我在RStudio 有两个项目，都需要能够访问它。

我最初是通过以下方式创建别名（在 MacOS 中）右键单击查找器中的文件~/A/data.csv，然后单击“制作别名”。然后将别名复制到~/B/并重命名为~/B/data.csv

我后来也尝试了以下命令 ln -s ~/A/data.csv ~/B

对于项目 A，我将实际数据文件放在 A/data/data.csv 中。
对于项目 B，我在 B/data/ 下创建了一个别名。

但是当我尝试 fread('B/data/data.csv') 时，它会抱怨：

sh: ./data/data.csv: 符号链接的级别太多

fread("./data/data.csv") 中的错误：

文件为空：/var/folders/4h/2jg64xk52mv3fyq4sb7s371w0000gn/T//Rtmp7cWNN3/filebf3013ad9194

我想我可以使用硬链接来解决这个问题，但只是想看看我是否可以使用别名来使其工作。

===== 我认为这并不重要，但为了完整起见，请参阅以下内容了解我的操作系统和 R 版本：

platform       x86_64-apple-darwin10.8.0   
arch           x86_64                      
os             darwin10.8.0                
system         x86_64, darwin10.8.0        
status                                     
major          3                           
minor          1.0                         
year           2014                        
month          04                          
day            10                          
svn rev        65387                       
language       R                           
version.string R version 3.1.0 (2014-04-10)
nickname       Spring Dance

【问题讨论】：

整个错误信息是什么？请将其添加到您的帖子中。您是否尝试在文件名的开头添加~，即"~/B/data/data.csv"
我现在添加了整个错误消息。我试图避免使用~，因为我想使用相对路径（相对于项目）。但是，我确实按照您的建议尝试使用~。但它没有用。
请显示您用于创建符号链接的命令。
我尝试了两种方法，1.右键单击finder中的文件~/A/data.csv，然后单击“制作别名”。然后将别名复制到~/B/并重命名为~/B/data.csv 2.ln -s ~/A/data.csv ~/B
严格来说，这是一个 Linux/MacOS 问题，与 R 无关。它也可能是重复的，应该作为重复关闭。

标签： r linux macos ln

【解决方案1】：

我不完全确定为什么在这种特定情况下使用别名：

请注意，对于小文件（例如 echo "test" > test.txt) 的简单文本文件，别名将大 274k 倍：

test.txt：5 个字节

test.txt 别名：1372636 字节

既然 RStudio 擅长使用绝对路径，为什么不直接链接到 ~/A/data.csv 而不是链接到它的别名呢？

两种替代解决方案（不直接回答问题）可能是 (1) 复制文件或 (2) 创建一种符号链接。

复制文件

#!/bin/bash
mkdir ~/B/data/
cp ~/A/data.csv ~/B/data/

或在 R 中，使用 system（在 Mac 上）：

system("mkdir ~/B/data/")
system("cp ~/A/data.csv ~/B/data/")

创建符号链接

这可以通过简单地将文件~/A/data.csv的路径保存在~/B/data/中来完成。

在外壳中：

#!/bin/bash
mkdir ~/B/data/
echo "~/A/data.csv" > ~/B/data/data.csv

（这部分也可以在R中使用system()完成）然后，在R：

## Reading path in B/data/
PATH <- scan(file = "~/B/data/data.csv", what = character())
## Opening the file (~/A/data/data.csv)
my_csv <- read.csv(PATH)

【讨论】：