通过 dendroPy 向树中添加新节点

Question

我想通过动态添加节点来创建一棵树 DendroPy 中的现有树。所以这就是我的处理方式，

>>> t1 = dendropy.Tree(stream=StringIO("(8,3)"),schema="newick")

现在这将创建一棵小树，其中有两个孩子的分类单元标签为 8 和 3。现在 我想向带有分类单元标签 3 的节点添加一个新叶。为此，我想要该节点 目的。

>>> cp = t1.find_node_with_taxon_label('3')

我想在那个时候使用添加子函数，它是节点的一个属性。

>>> n = dendropy.Node(taxon='5',label='5')  
>>> cp.add_child(n)

但即使在我打印 t1 中的所有节点对象时添加节点后，它也是 返回初始化时唯一的孩子 8 和 3。 请帮助我了解如何在 dendropy 中的现有树中添加节点..

现在，如果我们打印 t1，我们会看到树。但即使在添加元素之后 我找不到添加的对象。例如，如果我们做一个

>>> cp1 = t1.find_node_with_taxon_label('5')

它没有返回与5相关的对象。

Answer 1

要添加分类单元，您必须显式创建并将其添加到树中：

t1 = dendropy.Tree(stream=StringIO("(8,3)"),schema="newick")

# Explicitly create and add the taxon to the taxon set
taxon_1 = dendropy.Taxon(label="5")
t1.taxon_set.add_taxon(taxon_1)

# Create a new node and assign a taxon OBJECT to it (not a label)
n = dendropy.Node(taxon=taxon_1, label='5')

# Now this works
print t1.find_node_with_taxon_label("5")

关键是find_node_with_taxon_label在t1.taxon_set分类单元列表中搜索。