如何从 PDB 文件中提取所有链？答案

【问题标题】：How to extract all chains from a PDB file?如何从 PDB 文件中提取所有链？
【发布时间】：2014-09-05 00:57:49
【问题描述】：

我关注这个页面 How to extract chains from a PDB file? 但我无法找到我想要的完整解决方案。这是我的问题：

在不给出特定链 id 的情况下，我想提取 pdb 中的所有链 id 并将这些链 id 写入单独的 pdb 文件中。你能告诉我如何提取pdb中存在的所有链吗？例如，如果 pdb 包含两个链，我想将所有两个链分开写。

6CHY - 它有两条链 A 和 B。我想分别在 6CHY_A.pdb 中写 A 链，在 6CHY_B 中写 B 链。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

可以使用get_chains 检索pdb 中的所有链。

pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb")

for chain in pdb.get_chains():
    # Chain business goes here

假设您需要将每个链写入单独的文件。这样做：

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO

io = PDBIO()
pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb")

for chain in pdb.get_chains():
    io.set_structure(chain)
    io.save(pdb.get_id() + "_" + chain.get_id() + ".pdb")

【讨论】：

【解决方案2】：

我解决了这个问题。也许可能不是聪明的方式。简单的答案或解决方案总是受欢迎的。要为给定链编写 PDB，请按照这个完美编写的线程 - How to extract chains from a PDB file?

另外，使用这段代码获取所有链

chain_ids = []
struct = self.parser.get_structure("6CHY", "./6CHY.pdb")
chains = struct[0] # I need only X-RAY structures 
for chain in chains:
    chain_ids.append(chain.get_id())

请将这些代码行附加到How to extract chains from a PDB file?

【讨论】：