使用 biopython 从蛋白质数据库下载 pdb 时出错答案

【问题标题】：Error in downloading pdb from protein data bank using biopython使用 biopython 从蛋白质数据库下载 pdb 时出错
【发布时间】：2014-10-07 07:43:58
【问题描述】：

有些 pdb 不能使用 biopython 从 PDB 下载，尽管它们存在于 PDB 中。它会产生错误。此代码用于下载 pdb (2j8e) 它无法下载但它适用于其他 pdb。

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.PDB import PDBList
>>> pdbdownload = PDBList()
>>> pdbid = '2j8e'
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid)
Downloading PDB structure '2j8e'...

Traceback (most recent call last):
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory

这是一个错误。有人遇到过这个问题吗？

【问题讨论】：

标签： download biopython protein-database

【解决方案1】：

对不起，那个文件不存在！自己看：

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/j8/

该目录中没有 pdb2j8e.ent.gz。如果您尝试下载 2j8f 或任何其他 id，您可以毫无问题地获得它。

该文件已过时，可从ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/j8/ 检索。使用 Biopython，您可以：

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)

【讨论】：