HTTPError 与示例 biopython 代码查询 pubmed答案

【问题标题】：HTTPError with example biopython code querying pubmedHTTPError 与示例 biopython 代码查询 pubmed
【发布时间】：2012-12-31 03:36:10
【问题描述】：

我想通过python查询pubmed。我找到了一个很好的生物学相关库来做到这一点： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

我在这里找到了一些示例代码： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc116

from Bio import Entrez
Entrez.email = "A.N.Other@example.com"     
handle = Entrez.egquery(term="orchid")
record = Entrez.read(handle)
for row in record["eGQueryResult"]:
  if row["DbName"]=="pubmed":
    print row["Count"]

当我更改电子邮件并运行此代码时，我收到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "pubmed.py", line 15, in <module>
    handle = Entrez.egquery(term=my_query)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 299, in egquery
    return _open(cgi, variables)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 442, in _open
    raise exception
urllib2.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

~~没有太多线索可以找到问题的根源。我不知道它试图访问什么 url。~~ 当我搜索“pubmed entrez urllib2.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found”时，我得到 8 个结果，没有一个是相关的（除了这个线程)。

【问题讨论】：

您可以通过捕获异常找出它试图访问的 URL。 try: handle = Entrez.egquery(term="orchid")except Exception as e: pass，然后是print e.geturl()。我得到'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/egquery.fcgi?term=orchid&tool=biopython&email=A.N.Other%40example.com'。
谢谢。我正要这样做。我得到以下网址：eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/…。这是否表明 pubmed 服务器/服务已关闭？
从异常中获取 URL 的好技巧 :)

标签： python api biopython pubmed

【解决方案1】：

这个例子对我有用。看起来这是一个临时的 NCBI 问题，尽管“错误 404”非常不寻常，并且不是我在 Entrez 中看到的典型网络问题。一般来说，对于任何网络资源，在担心出现问题之前给它几个小时或一天的时间。

还有一个您可能希望订阅的 Entrez Utilities 公告邮件列表，但如果最近有计划的服务中断，此处未提及： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/utilities-announce

【讨论】：

现在对我也很好。