在 MacOSX El Capitan 上安装 Biopython，gcc 错误 -Qunused-arguments答案

【问题标题】：Biopython installation on MacOSX El Capitan, gcc error -Qunused-arguments在 MacOSX El Capitan 上安装 Biopython，gcc 错误 -Qunused-arguments
【发布时间】：2016-08-08 22:03:42
【问题描述】：

我正在尝试安装 Biopython，但收到此错误：

> gdr$ python setup.py build running build running build_py running
> build_ext building 'Bio.cpairwise2' extension gcc -DNDEBUG -g -fwrapv
> -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.2.3327.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7
> -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o gcc: error:
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ gcc: error:
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ error: command
> 'gcc' failed with exit status 1

我正在运行 MacOSX El Capitan 10.11.3，gcc 版本 4.9.2 20141029（预发布）。似乎没有其他人在 stackoverflow 和 google 上报告过这个问题（快速搜索）。

（更新）解决方案：

我解决了编辑setup.py安装文件中的os_clang_fix()，评论：

#    for flag in ["CFLAGS", "CPPFLAGS"]:
#        if flag not in os.environ:
#            os.environ[flag] = "-Qunused-arguments"
#        elif "-Qunused-arguments" not in os.environ[flag]:
#            os.environ[flag] += " -Qunused-arguments"

【问题讨论】：

标签： macos biopython

【解决方案1】：

这是一个 clang 特定选项，据我所知，它在 gcc 中不可用。

来自clang手册页：

   -Qunused-arguments
       Don't emit warning for unused driver arguments.

你有[至少]两个选项来解决这个问题：

删除项目构建文件周围所有出现的Qunused-arguments（我不太推荐这个）。
安装clang（只需在终端上运行clang并按照安装说明进行操作即可）。

另外[个人意见提前]，如果您出于任何特定原因不需要gcc，请将其卸载，并将clang 保留在您的OSX 上，这似乎是Apple 的意愿：)。

【讨论】：

好建议：它让我走上了正轨。谢谢你 pah :)。