打开保存为字典的多个文件答案

【问题标题】：open multiple files saved as dictionary打开保存为字典的多个文件
【发布时间】：2016-10-24 13:57:58
【问题描述】：

用户的输入是实验名称和包含数据的文件。数据处理后，我将文件中的哪个样本（行）保存在一个字典中，对应于哪个实验。例如，（有时样本可以属于多个实验，或者一个或一个都没有）

exp_sample["sample1"]=['experiment5','experiment6']
exp_sample["sample3"]=['experiment5']

再次（第二次）解析数据文件时，我想将示例行写入相应的实验文件。意思是，在我解析数据文件时，应该打开所有实验文件。我的想法如下：

experiment_files = {exp: open(exp+".fastq",'w') for exp in experiments}
for read in SeqIO.parse(fastq, 'fastq'):
    experiment = exp_sample[sample.id]
    #if sample belongs only to one experiment
    #or sample belongs to two the same experiments
    if len(experiment)==1 or (len(exp)==2 and (exp[0]==exp[1]))
        SeqIO.write(read,exp_files[experiment[0]],'fastq')
(x.close() for x in experiment_files.values())

我的问题是，打开保存在dict 中的文件然后以这种方式关闭它们是否合法？或者还有其他更聪明的方法吗？

PS。我知道，我可以将样本行保存到相应的实验列表中，然后将所有实验记录写入一个实验文件，但数据文件可以是几个 GB。

【问题讨论】：

我认为你应该在 experiments 的循环中使用上下文管理器，而不是使用 with 语句在 experiments 上迭代两次
@OrDuan 我没有在实验上迭代两次，我在数据文件上迭代两次，即 SeqIO.parse(fastq, 'fastq')
这样做应该是合法的，尽管在最后使用像这样的生成器表达式，只是为了它的副作用，被认为是一种不好的做法。您可以使用此answer of mine 中显示的内容将其正式化为另一个问题。
那个生成器表达式不会做任何事情。等效的列表理解[x.close() for x in experiment_files.values()] 将工作，但创建一个立即丢弃的列表是不好的做法。只需使用普通的for 循环：for x in experiment_files.values(): x.close()

标签： python dictionary bioinformatics biopython

【解决方案1】：

我们在评论中讨论后，我更新了我原来的答案。

如果要打开多个文件，可以使用上下文管理器ExitStack。

这是一个示例代码：

with ExitStack() as stack:
    files = [stack.enter_context(open(fname)) for fname in filenames]

files 列表中的每个元素都代表您打开的一个文件。

【讨论】：

如果您只是修改原始答案会更好。请记住，删除的答案实际上并没有被删除：拥有 10k+ 代表的任何人都可以看到它们。
@OrDuan 我将打开的文件保存在字典中，因为我需要根据实验名称访问它们SeqIO.write(read,exp_files[experiment[0]],'fastq')
@Anni 你仍然可以使用你创建的字典。像这样：{exp: stack.enter_context(open(exp+".fastq",'w')) for exp in experiments} 这样你就不必使用close 方法