Biopython - 字符串分配错误[关闭]答案

【问题标题】：Biopython - String assigning error [closed]Biopython - 字符串分配错误[关闭]
【发布时间】：2014-05-23 12:06:06
【问题描述】：

我尝试从 Biopython 开始。这样我就可以在里面做我的论文了。但这真的让我三思而后行。缺少显示功能，当我尝试整数值时，它不起作用，字符串也是如此。请帮忙。谢谢。

链接：

http://imgur.com/87Gw9E5

【问题讨论】：

“它不起作用”是一个非常模糊的错误描述。
您的while 条件是检查 0 是否大于某物的长度。您实际上并没有显示 features 的定义位置，但除非它是一些可怕的组合对象，以某种方式返回负长度，否则您的循环将永远不会运行。

标签： python biopython

【解决方案1】：

Biopython 对我来说似乎很健壮，错误可能是由于您对它的缺乏经验。

您有几个错误，其中之一是您忘记以“”结束字符串。以下几行

print "location start, features[ftNum].location.start # note location.start"
print "feature qualifiers,features[ftNum].qualifiers"

应该改正为

print "location start", features[ftNum].location.start # note location.start
print "feature qualifiers", features[ftNum].qualifiers

此外，正如 Wooble 指出的那样，您的 while 循环中的条件是错误的。我猜你的意思是反转“>”，也就是说，特征的数量应该大于零。

请添加一些示例数据和错误消息。

【讨论】：

【解决方案2】：

Biopython 的人实际上让处理这些功能变得很容易。您的问题是字符串管理（普通 python）。我用过format，但你可以使用% 运算符。

同样在 python 中，你很少需要在循环时保持计数。 Python 不是 C。

from Bio import SeqIO

for record in SeqIO.parse("NG_009616.gb", "genbank"):

    # You don't have to take care of the number of features with a while
    # Loop all of them.
    for feature in record.features:
        print "Attributes of feature"
        print "Type {0}".format(feature.type)
        print "Start {0}".format(feature.location.start)
        print "End {0}".format(feature.location.end)
        print "Qualifiers {0}".format(feature.qualifiers)
        # This is the right way to extract the sequence:
        print "Sequence {0}".format(feature.location.extract(record).seq)
        print "Sub-features {0}".format(feature.sub_features)

【讨论】：