在 pip 安装期间更改 Biopython 包含编译路径

Question

我正在尝试在我的工作机器 (OpenSuse x86_64) 上使用 PIP 安装 Biopython（一个 python 包）。

一切都很好，直到它尝试使用 numpy 标头进行一些编译

gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -fmessage-length=0 -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -g -fPIC -I/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c Bio/Cluster/clustermodule.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/Bio/Cluster/clustermodule.o

什么时候失败

Bio/Cluster/clustermodule.c:2:31: fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory

这是因为numpy/arrayobject.h在

/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/

而不是

/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include 

有没有办法更新设置包含路径的任何变量（到 /local 版本），无论是全局还是显式安装？

更新

一年多之后，我遇到了类似的问题，只不过这次.h 文件根本不存在于我的系统中。只需将 .h 从另一台机器复制到

/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy

目录安装顺利。

Answer 1

感谢@Bort，我发现这显然是known error（本地/用户空间安装无论如何都不起作用）。

通过在以下位置编辑 Biopython setup.py 文件

原创

#Add extensions that requires NumPy to build
if is_Numpy_installed():
   import numpy
   numpy_include_dir = numpy.get_include()
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Cluster.cluster',
              ['Bio/Cluster/clustermodule.c',
               'Bio/Cluster/cluster.c'],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.KDTree._CKDTree',
              ["Bio/KDTree/KDTree.c",
               "Bio/KDTree/KDTreemodule.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Motif._pwm',
              ["Bio/Motif/_pwm.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir],
              ))

更新

#Add extensions that requires NumPy to build
if is_Numpy_installed():
   import numpy
   numpy_include_dir = numpy.get_include()
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Cluster.cluster',
              ['Bio/Cluster/clustermodule.c',
               'Bio/Cluster/cluster.c'],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.KDTree._CKDTree',
              ["Bio/KDTree/KDTree.c",
               "Bio/KDTree/KDTreemodule.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))
   EXTENSIONS.append(
      Extension('Bio.Motif._pwm',
              ["Bio/Motif/_pwm.c"],
              include_dirs=[numpy_include_dir, '/usr/local/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include/'],
              ))

然后使用 pip 从源安装（我用更新的setup.py 文件重新压缩文件夹然后运行）

pip install recompressed.tar.gz

它已经安装好了。

更新 实际上，我在另一台 openSUSE 机器上遇到了非常相似的问题，但是这次没有任何包含文件......为了解决这个问题，我从 numpy 源复制它们并使用上面的 include_dirs 更新将它们提供给它们。