将 SeqIO 字典写为 Fasta 文件答案

【问题标题】：Write SeqIO Dictionary as Fasta File将 SeqIO 字典写为 Fasta 文件
【发布时间】：2017-10-27 20:11:49
【问题描述】：

我最初将我的 fasta 序列转换为带有 Bio.SeqIO.to_dict 语句的字典。我想将子集字典写回fasta文件。

Test 是一个 python 字典，以 fasta 标头作为键，序列作为索引。

我的代码尝试使用 SeqIO.write：

with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test, handle, "fasta")

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id'

恐怕通过将 SeqIO 生成器对象转换为字典，我无法轻松返回其他 SeqIO 函数所期望的输入。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我解决了这个问题。即使使用 SeqIO.to_dict 转换，字典的值也是原始生成器类。要将此字典写回 Fasta，只需调用字典的值即可。

with open("example.fasta", "w") as handle:
    SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta")

【讨论】：