在 biopython 中对基因组进行爆炸答案

【问题标题】：blast against genomes in biopython在 biopython 中对基因组进行爆炸
【发布时间】：2014-07-11 09:54:26
【问题描述】：

from Bio.Blast import NCBIXML
from Bio.Blast import NCBIWWW

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn",
    "nr",
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC",
    entrez_query='"Beutenbergia cavernae DSM 12333" [Organism]')

blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)

for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            print(hsp.query[0:75] + '...')
            print(hsp.match[0:75] + '...')
            print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

这并没有给我一个输出，虽然序列实际上是基因组的序列，所以我必须得到一个结果。错误在哪里？查询是否正确？

【问题讨论】：

标签： biopython blast genome

【解决方案1】：

您的查询未返回任何结果。爆炸的默认参数是原因。这些参数在这种特殊情况下的小长度查询效果更好：

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn",
    "nr",
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC",
    megablast=False,
    expect=1000,
    word_size=7,
    nucl_reward=1,
    nucl_penalty=-3,
    gapcosts="5 2",
    entrez_query='Beutenbergia cavernae DSM 12333 [Organism]')

尤其是expect 参数在这里起着重要作用。

【讨论】：