【发布时间】:2021-12-20 14:56:43
【问题描述】:
目标
我是生物信息学的新学生,我想使用一个程序将 FASTQ 文件更改为 GBK 文件。
背景
我使用的是 Windows 操作系统,我使用 VirtualBox 在其上运行 Ubuntu 环境。我听说类似 Linux 的系统更适合生物信息学(同样,我对此很陌生)。 我去这个网站:http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/fastq_to_genbank.php
出错的步骤
我按照通过本网站提供的安装biopython 的说明进行操作。在 Ubuntu 的命令行中,我写道:
pip install biopython
pip install --upgrade biopython
然后我继续按照网站给出的说明,在命令行中写下第一行代码:
from Bio import SeqIO
产生以下错误:
来自:参数太多
问题
我不明白为什么会出错。命令行的工作方式是否不同?
很抱歉这个初学者问题,我希望我正确地提出了我的问题。
【问题讨论】:
-
命令在一个脚本(文件)中,应该像
python3 file(或python,或biopython)一样从python运行。你所做的被终端 shell (bash) 解释了 -
好的,谢谢。我已经尝试继续使用 Spyder,而且我在这方面做得更进一步。
-
From Bio import SeqIO 不确定是否也可以尝试 from Bio import SeqIO
-
运行
which from来检查你正在运行的命令,而不是预期的 pythonimport
标签: python ubuntu bioinformatics biopython