python：我可以将基于部分名称的文件移动到具有该名称的文件夹中吗

Question

我有一个包含大量文件的目录，我想根据部分文件名将这些文件移动到文件夹中。我的文件列表如下所示：

• ID1_geneabc_species1.fa

• ID1_genexy_species1.fa

• ID2_geneabc_species1.fa

• ID3_geneabc_species2.fa

• ID3_genexy_species2.fa

• ID4_genexy_species3.fa

我想根据文件名的最后一部分（species1、species2、species3）将我拥有的文件移动到单独的文件夹中。文件名的前几部分并不总是具有相同数量的数字和/或字母，而是总是由下划线“_”分隔的 3 部分组成。

这是我在网上尝试过的，但它不起作用：

import os
import glob

dirs = glob.glob('*_*')

files = glob.glob('*.fa')

for file in files:
   name = os.path.splitext(file)[0]
   matchdir = next(x for x in dirs if name == x.rsplit('_')[0])
   os.rename(file, os.path.join(matchdir, file))

我在下面脚本的列表中有名称列表（species1、species2、species3），它们对应于我的文件名的第三部分。我可以从这些名称中的每一个在我当前的工作目录中创建一组目录。在以下脚本之后是否有更好的方法来执行此操作，例如遍历物种列表，匹配文件，然后将其移动到正确的目录中？谢谢。

from Bio import SeqIO
import os
import itertools

#to get a list of all the species in genbank file
all_species = []
for seq_record in SeqIO.parse("sequence.gb", "genbank"):
    all_species.append(seq_record.annotations["organism"])

#get unique names and change from set to list
Unique_species = set(all_species)
Species = list(Unique_species)

#send to file
f = open('speciesnames.txt', 'w')
for names in Species:
    f.write(names+'\n')
f.close()

print ('There are ' + str(int(len(Species))) + ' species.')

#make directory for each species
path = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
for item in itertools.product(Species):
    os.makedirs(os.path.join(path, *item))

Answer 1

所以，您需要一个从文件中获取文件夹名称的函数。然后你遍历文件，创建不存在的目录并将文件移动到那里。这样的事情应该可以解决。

def get_dir_name(filename):
    pos1 = filename.rfind('_')
    pos2 = filename.find('.')
    return filename[pos1+1:pos2]

for f in glob.glob('*.fa'):
    cwd = os.getcwd()
    dir_name = cwd+'/'+get_dir_name(f)
    print dir_name
    if not os.path.exists(dir_name):
        os.mkdir(dir_name)
    os.rename(f, dir_name+'/'+f)