【问题标题】:Is there a way with biopython to obtain the full abstract from a pubmed article?biopython 有没有办法从已发表的文章中获取完整的摘要?
【发布时间】:2014-02-09 22:29:07
【问题描述】:

我目前有以下查询 pubmed 的代码:

from Bio import Entrez
Entrez.email = "kuharrw@hiram.edu"     # Always tell NCBI who you are
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria")
record = Entrez.read(handle)
list = record["IdList"]
print len(list)
for index in range(0, len(list)):
    listId = list[index]
    handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=listId)
    record = Entrez.read(handle)
    print index
    print record[0]["Title"]
    print record[0]["HasAbstract"]

此代码能够告诉我文章是否有摘要,但我找不到任何有关如何实际返回摘要的文档。可以使用 biopython 吗?如果不是还有其他方法吗?

【问题讨论】:

    标签: python biopython pubmed


    【解决方案1】:

    是的,显然可以使用 BioPython。如果您完全按照本节操作,您应该能够从 pubmed 获得摘要:http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec142

    如果您认为此链接没有帮助,请告诉我。我会尽快回复您。

    【讨论】:

    • 非常感谢,我今天花了好几个小时翻阅该文档试图找到它,但我一定是错过了那个部分。
    猜你喜欢
    • 1970-01-01
    • 2014-09-08
    • 2020-11-14
    • 2021-04-25
    • 1970-01-01
    • 2019-04-22
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    相关资源
    最近更新 更多