如何调用命令行命令（AFNI 命令）？答案

【问题标题】：How to call command line command (AFNI command)?如何调用命令行命令（AFNI 命令）？
【发布时间】：2015-02-16 02:00:19
【问题描述】：

我正在尝试读取 dicom 文件中的 dicom 标头标记。现在，有两种方法可以读取这个 dicom 标头标签。

1) 在 python 中使用 pydicom 包，这在我的 python 安装版本（python 3）上显然不能正常工作。

2) 或者当我通过命令行调用 AFNI 函数“dicom_hinfo”时，我可以获得 dicom 标签值。终端调用afni函数的语法如下：

dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb 文件名.dcm 输出：fgre

现在我应该如何在 python 脚本中调用这个 dicom-info -tag aaaa,bbbb filename.dcm。我猜 subprocess 可能有效，但不确定在这种情况下如何使用它。

【问题讨论】：

标签： python subprocess dicom pydicom

【解决方案1】：

要从子流程中获取输出，您可以use check_output() function:

#!/usr/bin/env python
from subprocess import check_output

tag = check_output('dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb filename.dcm output:fgre'.split(),
                   universal_newlines=True).strip()

universal_newlines=True 用于在 Python 3 上获取 Unicode 文本（数据使用用户区域设置的字符编码进行解码）。

check_output() 假定 dicom_hinfo 打印到其标准输出流 (stdout)。一些实用程序可能会直接打印到 stderr 或终端。可以修改代码以适应这种情况。

【讨论】：

出现错误。无法解释：回溯（最近一次调用）：文件“”，第 1 行，在文件“/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/subprocess. py", line 607, in check_output with Popen(*popenargs, stdout=PIPE, **kwargs) as process: File raise child_exception_type(errno_num, err_msg) FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'dicom_hinfo'跨度>
@tryeverylanguage: update your question 并将完整的回溯放在那里（格式正确）。该错误表示PATH 中没有dicom_hinfo 命令。要么提供dicom_hinfo 的完整路径，要么将相应的目录添加到运行 Python 脚本的环境中的 PATH envvar。

【解决方案2】：

哦，这是由于使用 Pydicom 的语法错误造成的。我想访问 0019、109c 标签。

语法应该是：

ds[0x0019,0x109c].值。

不是 ds[aaaa,bbbb].value

【讨论】：