Dicom 到 PNG 的转换 - 输出图像完全是黑色的

Question

使用 Python 将 dicom 转换为 png 时，没有出现任何错误。 输出文件是完整的黑色，虽然图像数组有变量值。

代码：

import pydicom
import cv2
import os

dicom = pydicom.dcmread(inputdir + f)
# print("dicom", dicom)
img = dicom.pixel_array
print("img", img)
cv2.imwrite(outdir + f.replace('.dcm','.png'),img)

图像数组（供参考）：

[[585 585 570 ... 570 572 570]
[585 585 585 ... 572 575 572]
[585 585 585 ... 553 568 575]
...
[854 854 854 ... 778 783 787]
[854 854 856 ... 783 785 787]
[854 856 856 ... 785 790 759]]

Answer 1

根据docs.opencv.org，cv2.imwrite 通常“更喜欢”图像数据以 8 位表示（即值范围仅从 0 到 255）。

一般情况下，只有 8 位单通道或 3 通道（带“BGR”通道 order) 可以使用此功能保存图像...

我注意到您的图像数据超过 8 位，因此您需要 (a) 对其进行缩放然后将其转换为 np.uint8，或者 (b) 将位表示减少到 8 位。

(a) 缩放示例：

import numpy as np  # assuming that you have numpy installed
img = np.array(img, dtype = float) 
img = (img - img.min()) / (img.max() - img.min()) * 255.0  
img = img.astype(np.uint8)
cv2.imwrite(outdir + f.replace('.dcm','.png'),img)

或者，(b) 移位到 8 位的示例：

bit_depth = 10  #  assuming you know the bit representation
img = np.array(img, dtype = np.uint16)
img = img >> (bit_depth - 8)  
img = img.astype(np.uint8)
cv2.imwrite(outdir + f.replace('.dcm','.png'),img)

但是由于您将图像保存为 PNG 格式，所以这里的方法更短...

，但有以下例外：

• 16 位无符号 (CV_16U) 图像可以保存为 PNG、JPEG 2000 和 TIFF 格式
• ...

您可以将您的图像投射到np.uint16 :)

img = img.astype(np.uint16)
cv2.imwrite(outdir + f.replace('.dcm','.png'),img)

Answer 2

在“dicom.pixel_array”之后添加下一行代码就可以了。

## Rescaling grey scale between 0-255
scaled_img = (np.maximum(img,0) / img.max()) * 255.0