使用 pydicom 通过 DICOMDIR 访问 DICOM 文件答案

【问题标题】：Access DICOM files via DICOMDIR using pydicom使用 pydicom 通过 DICOMDIR 访问 DICOM 文件
【发布时间】：2021-12-23 17:00:28
【问题描述】：

我是这种文件类型的新手。我想通过访问位于该文件夹旁边的 DICOMDIR 来访问文件夹 S65279_1148582599_LIVER__QIU__SHIFU__M_53 中的文件。在文件夹中，我想访问如下文件夹中的“IMG”文件：

IMGO00O0000 2021/12/22 8:55 13,408 KB
IMGOO000001 2021/12/2  8:55 13,840 KB
IMGO0000002 2021/12/22 8:54 8 KB
IMG00000035 2021/12/22 8:54 103 KB
IMGOO000739 2021/12/22 8:54 2 KB
Objects.xml 2021/12/22 8:54 11 KB

使用dcmread 读取 DICOMDIR 文件后，我得到如下信息：

(0004, 0000) Group Length                        UL: 232
(ee04, 1400) Offset of the Next Directory Record UL: e
(0004, 1410) Record In-use Flag                  US: 65535
(e004, 1420) Offset of Referenced Lower-Level Di UL: 0
(e004, 1430) Directory Record Type               CS: 'SR DOCUMENT'
(e004, 1500) Referenced File ID                  CS: ['S65279_1148582599_LIVER_QIU_SHIFU_M_53', 'IMGOOOR0739']
(0004, 1510) Referenced sOP Class UID in File    UI: Comprehensive SR Storage
(eee4, 1511) Referenced sOP Instance UID in File UI: 1.2.276.0.48.10201. 1.20110506073656578008
(0004, 1512) Referenced Transfer Syntax UID in F UI: Explicit VR Little Endian
(0008, 0e00) Group Length                        UL: 48
(0008, 0005) Specific Character Set              CS: 'IS0_IR 192'
(0008, 0023) Content Date                        DA: '20110322'
(e008, e033) Content Time                        TM: '095212'
(0020, e000) Group Length                        UL: 10
(ea20, 0013) Instance Number                     IS: '0'

我应该如何获得“IMG00000739”？我曾尝试使用ds[0x0004,0x1500] 访问ReferenceFileID，但这不起作用。

【问题讨论】：

请查看documentation。另请注意，不鼓励使用指向文本的图像链接，请改用纯文本 - 请参阅 how to ask a question。
文档是我检查的第一件事。但是，阅读文档后，我仍然不知道该怎么做。非常感谢提示。
只是从文档中重新迭代：DICOMDIR 只是文件的索引。您可以通过使用dcmread 加载来直接访问每个文件，如果您已经知道要访问哪些文件，则无需使用 DICOMDIR。
是的，我知道。但问题是我只需要加载 DICOMDIR 并从 DICOMDIR 访问其他文件。我想知道是否有办法做到这一点。
你必须直接读取其他文件，从DICOMDIR你只能得到他们的文件名（通过ReferencedFileID）。

标签： python dicom pydicom

【解决方案1】：

DICOMDIR 文件包含患者、研究、系列和图像及其某些属性的目录记录的链接列表。如果您只需要一个在 DICOMDIR 中引用的 DICOM 文件列表，您可以找到所有 ReferencedFileID 标记，其中包含路径组件作为列表的路径。 ReferencedFileID 仅存在于图像级目录记录中，因此如果您搜索这些条目，您将获得所有包含的 DICOM 图像的路径。

在pydicom 中，DICOMDIR 由FileSet 表示，它处理该文件类型的细节并允许您搜索目录记录。
因此，如果您想获取 DICOMDIR 中引用的所有 DICOM 文件路径，您可以执行以下操作：

from pydicom import dcmread 
from pydicom.fileset import FileSet

ds = dcmread(dicomdir_path)
fs = FileSet(ds)
root_path = fs.path
# returns all contained values if IMAGE level entries
file_ids = fs.find_values("ReferencedFileID")
for file_id in file_ids:
    # file_id is a list, unpack it into the components using *
    dcm_path = os.path.join(root_path, *file_id)
    print(dcm_path) # here you can collect the paths or load the dataset

【讨论】：

非常感谢。它说名称“FileSet”未定义...
你必须导入它。我将其添加到答案中。
不敢相信我被困了两天，因为我忽略了文档中的导入声明......非常感谢。一切正常。
或更简单的：for instance in fs: print(instance.path)