我最近发现了 TMB 的神奇之处，并且我正在开发一个包，该包最好在其中包含 TMB c++ 模板，用于计算相当昂贵的模型。
我假设有以下可能性：
但我在 TMB 文档中找不到任何明确的指导方针。到目前为止，我的替代方法是编写函数，在第一次调用使用未编译类的函数时编译 TMB 代码......但我觉得有更好的方法来做到这一点。
有没有人成功地将 TMB 功能包含在另一个包中，并且可以为我指明相关文档或示例的方向？
【问题讨论】：
经过一番搜索，我终于在thread 中找到了答案。我想我错过了它，因为它详细说明的解决方案已移至标题为 development 的 wiki 页面，其中内容专门针对希望为 TMB 开发做出贡献的用户，而我只想分发代码其中包含 TMB。
总而言之，该线程建议我采用这样的一些更改（myPkg 应该是您的包的名称）：
.cpp 模板放入mypkg/src。然后，当您构建包时，R 会自动编译它。将这些行添加到您的描述文件中，以便 R 拥有编译模型模板所需的所有工具。
Depends: TMB, RcppEigen
LinkingTo: TMB, RcppEigen
现在我们需要将我们的 TMB 模板添加到命名空间文件中。我们可以通过 roxygen 轻松地做到这一点，方法是制作一个像这样的虚拟文件：
#' Roxygen commands
#'
#' @useDynLib myPkg
#'
dummy <- function(){
return(NULL)
}
虚拟函数只是在我的源代码中的某个地方添加标签@useDynLib myPkg 的借口，我不会弄乱它。此标签将使用useDynLib(myPkg)...填充您的NAMESPACE，据我所知，这会在为您加载包时加载共享库。
最后，在调用MakeADFun时，设置DLL="myPkg"。通过此设置，您可以将单个 TMB 模型编译到您的包中。这是因为你的./src/文件夹中编译的内容会根据你的包名自动重命名，所以你不能创建唯一命名的模型。
经过更多搜索（与上面引用的相同线程）...我意识到官方 wiki 中描述的解决方案（以及上面详细说明）仅与分发单个 dll（即单个 TMB 模型）有关。
如果您想在一个包中分发多个 TMB 模型，您必须使用自己的 makefile。我已经给出了更详细的描述in my blog，所以我将在这里仅简要描述这些步骤，说明它们与我之前描述的步骤有何不同。
你必须定义你自己的Makefile（或Makefile.win对于windows用户）并将它放到你的src/目录中。这是一个适合我的示例：
all: template1.so template2.so
# Comment here preserves the prior tab
template1.so: template1.cpp
Rscript --vanilla -e "TMB::compile('template1.cpp','-O0 -g')"
template2.so: template2.cpp
Rscript --vanilla -e "TMB::compile('template2.cpp','-O0 -g')"
clean:
rm -rf *o
对于 Windows，将 so 替换为 dll，并使用相关的编译器标志（用于调试）。有关用于调试的编译器标志的信息，请参阅 ?TMB::compile。
这与上面略有不同：
#' Roxygen commands
#'
#' This is a dummy function who's purpose is to hold the useDynLib roxygen tag.
#' This tag will populate the namespace with compiled c++ functions upon package install.
#'
#' @useDynLib template1
#' @useDynLib template2
#'
dummy <- function(){
return(NULL)
}
最后，上述更改将编译多个唯一命名的 TMB 模板并将它们加载到命名空间中。要在包中调用这些模型，下面是一个示例：
obj <- MakeADFun(data = data,
parameters = params,
DLL="template1",
inner.control = list(maxit = 10000),
silent=F)
当我尝试在 Windows 机器上编译它时遇到了问题……结果证明与未正确清理 src 文件夹有关，并且我将旧的 linux 编译文件卡在了那里。如果您有编译问题，值得手动清除之前构建的 src/ 目录中的残留文件......或者也许有人可以提供一些关于编写更好的 make 文件的好建议！
【讨论】：
dummy <- function(){ return(NULL) } 替换为NULL，例如在这里做：github.com/boennecd/survTMB/blob/…
如果您想使用来自 TMB 的附加代码访问 CppAD 库（这非常重要！），那么您可以使用 WITH_LIBTMB 宏变量，就像我在此标头 here 中所做的那样。这将允许您拥有多个可以单独编译的 .cpp 文件。重要的是，您只需使用 a file like this 编译 TMB 标头中的代码一次，其中 #includes TMB.hpp 标头而不定义 WITH_LIBTMB。
这大大减少了编译时间，因为您可以独立编译每个 .cpp，而无需 TMB.hpp 中声明的所有代码。此外，如果您像我在链接中所做的那样undefine and define 一些宏，您也可以将代码与 Rcpp 一起使用。
您还可以拥有一个可供TMB::MakeADFun 使用的文件。它需要一些手动工作，但也可以通过使用 Rcpp::compileAttributes 并将创建的名为 RcppExports.cpp 的文件更改为名为 init.cpp 的同时使用 Rcpp 来完成，然后将这些附加行包含在 CallEntries 数组和 @ 987654333@函数：
Rstudio 每次构建时都会调用Rcpp::compileAttributes（或类似的东西）。因此，您不能使用它。解决此问题的一种方法是创建自定义构建脚本similar to the one here。在删除了由Rcpp::compileAttributes 创建的RcppExports.cpp 文件后，它实际上调用了R CMD INSTALL。我也喜欢通过调用 devtools::test() 来运行测试，但如果你愿意，可以删除它。
【讨论】：